養育費を定める際に，現時点では出生していない夫と不貞相手との間の子のことは考慮しなくてよいと思います。
あなたと夫との間のお子さんにつき，現在の状況をもとに養育費を定めておいて，今後，夫が再婚なり認知なりして不貞相手との間の子に対して扶養義務を負うこととなったときに，夫の方から養育費減額を申し出ればよいのではないでしょうか。

公正証書で養育費について定める場合，支払いのお期についても定めます。公正証書作成時には，必ず，公証人による読み聞かせと，記載内容を確認する作業がありますので，その際に『養育費はちゃんと20歳までとなって』いるかの確認はできます。
また，公正証書の内容に不安を感じたときは，作成前か作成時に，公証人の先生に確認してみてください。

今後も現在の事業を継続するのであれば，養育費の減額は難しい可能性があります。
その理由は，調停が昨年成立したばかりであること，昨年時点で今年以降の業績不振であることが予想されていたのであれば，例えば令和６年中に養育費額の見直しをする等の条項を盛り込むことが可能であったのに，それをしていないといったことです（元妻が口頭で業績不振による見直しに賛同していた，だけでは弱いと思います）。
他方，廃業して他社の従業員として勤務されるのであれば，減額は可能です。
実際に収入が下がったことが必須条件ではありますが，転職により，調停時とは異なる状況にあることが明らかとなるため，事業継続の場合とは扱いが異なることになります。
転職後，２，３か月勤務し，給与明細書を取得してから減額調停を申し立てるのがよいです。
養育費減額を求める場合，減額を相当とする根拠を示す必要があり，給与明細書を示すのが適当だからです。

１　過去の養育費について
　　過去の養育費は支払うべき義務はないです。養育費は，子の「現在の」生活を定期的に充足させるための費用であり，過去分については充填のしようがないからです。請求時又は養育費調停申立ての月からの養育費の支払いで構いません。
２　面会交流ができなかったことの慰謝料請求について
　　そもそも，面会交流は，子の権利であり，本来は，非監護親（子と生活していない親）の権利ではありません。非監護親は，子の面会交流権の反射的効果として，一定の限度で面会交流権を有するのだと考えられます。
　　また，現時点で認知をしていない以上，生物学的にはともかく，法律上は父ではないので，面会交流というのは想定できません。勿論，あなたとすれば，認知すると申し出ていたにもかかわらず，相手が無視していたため認知ができず，したがって，面会交流ができなかった，ということをおっしゃりたいのだと思います。ただ，やはり現実に認知をしていないことからすれば，面会交流権を主張することには違和感があるように思われます。
　したがって，面会交流ができなかったことについて慰謝料を求めることは現実的ではないと思います。

　むしろ，認知をして，今後の養育費の支払いについて取り決め，他方で，今後の面会交流についても取り決める，という方が実態に即した解決ではないかと思います。

１　離婚の可否
　　現状，奥様は，別居しているにもかかわらず，「離婚しない」とおっしゃっているようですので，協議離婚（離婚届を出す方法による離婚）は難しそうですね。
　　そうかといって，調停離婚も裁判離婚も，奥様が離婚しないと言っていることに加え，おそらく，奥様はあなたの「不貞」を持ち出し（不貞の証拠がどの程度あるかにもよりますが），責め立てることが予想されますので，やはり少なくとも当分の間は，離婚は難しそうです。
　「８月初旬妻から離婚届けを出された」ことを立証できれば反論可能かと思いますが‥。
２　慰藉料
　　奥様の手持ち証拠次第では，離婚するしないに関わらず，慰謝料請求はされる可能性があります。
３　住宅ローン
　　債務者があなたであれば，離婚後，あなたがご自宅に居住するしないに関わらず，あなたが負担し続けます。
　　奥様が自宅に住み続け，あなたが家を出る場合は，住宅ローンにつき，話し合いが必要でしょうね。
４　親権
　　双方が親権を主張した場合，お子さんの年齢，これまでの監護実績，お子さんの意向等によって変わります。
５　養育費
　　双方の収入に照らし算定されるのが通常です。

「夫婦の貯金１４０万円」をあなたがもらい，車を夫に渡す，というのは，「財産分与」の問題です。
財産分与は，婚姻後，夫婦が経済的に協力して取得した財産を離婚に際して清算する制度なので，夫に渡す車の価値が１４０万円（時価。ローンがないこと前提）以上であれば，あなたが１４０万円の預金を取得しても何ら問題はありません。
他方，車にあまり価値がない場合は，下記の慰謝料の点を強く主張し，財産分与＋慰謝料として預金プラスαをもらうことになります。

慰謝料については，「決定的な証拠はない」とのことですが，相手の女性が誓約書をあなたに送付し，慰謝料２０万円を振込んだということですので，その誓約書に，あなたの夫とその女性が不貞行為を行ったことと認め，慰謝料を支払う旨の記載があれば，夫に対する「証拠」となります。
不貞行為は，配偶者に対する他方配偶者（本件では，夫）と不貞相手との共同不法行為なので，あなたは，相手の女性にも夫にも慰謝料を請求することは可能です。ただし，夫と相手女性の責任は，「連帯」しているので，女性から十分な額の慰謝料をとってしまった後に，夫から重ねて慰謝料をとることはできません。
もっとも，今回，あなたは，女性から２０万円しか得ていないということなので，夫に対し，さらに慰謝料請求をすることは可能です。
慰謝料の相場としては，２００万円くらいと思ってください。あなたは，女性から２０万円を得ているので，夫には１８０万円程度を請求することは可能ということです。

ご自身で解決するのが難しければ，弁護士に相談，依頼するのも一つの考えです。

理想の解決にある「婚姻費用を減額せず毎月いただきたい」というのは，とても難しいです。
婚姻費用分担は，夫婦間の相互の扶助義務を根拠としているため，双方の収入に照らし，算定されるべきものです（夫婦間でこれと異なる合意がある場合は別ですが）。
したがって，夫が定年退職により年金生活となれば，夫の収入の減少は避けられないため，今般，夫が婚姻費用減額調停を申し立てた以上，これまでどおりの婚姻費用とはならないでしょう。
夫が年金生活者となっても，年金も収入にはなるので，婚姻費用は０円にはならないでしょうが，確実に今よりは減額されます。

次に，「離婚を考えた方がよいか」ということについてですが，減額されるとはいえ，毎月婚姻費用をもらう方が経済的にメリットがあるとお考えであれば，離婚する必要はないでしょう。もっとも，夫の側から離婚請求をしてくる可能性があるかもしれませんが。
他方で，長年別居しているとはいえ，夫から解放されたいという気持ちが強ければ，離婚をしてもよいかもしれませんね。また，別居開始時点でそれなりに夫婦の財産があったのであれば，離婚に際して財産分与を求めてもよいのではないでしょうか。

「音声データ」が「不貞の証拠として使えるかどうか」についてですが，あなたが，証拠の違法性という点を気にされているのであれば，特段問題なく証拠として使用できます。
「証拠として使えるかどうか」が，不貞を立証するに足りるか，という趣旨でのご質問であるならば，「２人の不適切なやり取り」の内容によるというのが回答になります。あなたの主観ではなく，第三者が聞いても，これは肉体関係があるよね，といえるものであれば，不貞の証拠として有用でしょう。

「スタッフに宛てた親密なメール」というのも，内容によっては，不貞の証拠となる可能性はあります。

これ以上のことは，内容を確認しなければ申し上げられません。