退職金も財産分与の対象となるので，財産分与を検討する際に退職金を除外することはできません。

もっとも，退職金を含めた全財産の分与を検討したうえで，奥様に一定額を支払分ければならないとなった場合に，現時点で分与額を支払うのが困難であれば，長期の分割払いとするか，(奥様の同意が前提となりますが)退職金を受給した時点で一時払いとする，ということもあり得ると思います。

夫の父が支出した1000万円を，夫に対する贈与と考えると，その1000万円は現金・預金としては「もうない」ですが，当該金員は土地購入に充てたわけですから，自宅の敷地として残存していると考えられます。
そのため，敷地部分は，夫の特有財産と考えられるのではないでしょうか。

自宅土地建物を売却した場合，売却代金から残ローンを控除した残金につき，土地と建物の価格を比較して，土地の価格に相当する部分は夫の特有財産と評価できるのではないかと思います。
逆に言えば，夫の特有財産として返還すべきは上記に尽きるのであって，1000万円を返還する必要はないということです。

あなた自身が元夫の住所を調べて，請求書を出すということもできなくはないでしょうが，現実的には，弁護士に，元夫に対して未払養育費の支払いを請求することを依頼して，現在の元夫の住所を調べてもらって，過去１０年分遡って請求する，というのがよいでしょう。

もっとも，お子さん２人に対し月額１万円の養育費すら支払わない男が，たとえ弁護士から請求があったとしても素直に支払うとは思えません。裁判をしても，回収できるかどうかは不明です。
勤務先を調べられたとしても，元夫が勤務先をやめてしまえば給与差押えも空振りになります。

要は，弁護士に依頼して請求したとしても費用倒れになる可能性があるということです。
それでもどうしても支払わせたいというのであれば，弁護士に依頼することをお勧めします。

奥様の退職理由が不明ですが，さしたる理由もなく退職したのだとしたら，潜在的に前職と同水準の収入を稼げる能力があると主張しても不合理ではないと思います。
もっとも，奥様の年齢その他の条件によっては，そもそも同じ業界への再就職が困難であり，現実的に前職と同水準の収入を得られない，ということもあり得るとは思います。

仮に，上記の主張が受け入れられない（裁判所が相当と判断しなかった）場合は，賃金センサス相当の収入を主張して構わないと思います。但し，これも，奥様の退職理由，現在稼働しない理由に関わってくるでしょう。

何にしても，奥様が２年前までフルタイムで勤務していたこと，勤続２０年程度というのは，かなり有利な事情ですので，パートタイマーと同水準の収入しか得られない（稼働能力がない）などということを認める必要はないでしょう。

審判移行の可能性も考慮して，奥様の潜在的稼働能力の主張は客観的証拠を付して行うべきでしょう。

上２人のお子さんとあなたとは，養子縁組をしているということでよろしかったでしょうか。
そうであれば，お子さん３人ともあなたが親権者となることは可能ですし，あなたのお話を聞く限り，あなたが親権者となるのが適切でしょう。
何より，お子さんたちにとって，父（あなたにとっての夫）との生活は，平穏な生活とは程遠いものだと思われます。

そこで，離婚に先立ち，三重の実家にお子さんを連れて転居する形で別居をされるのがよいと考えます。
別居開始時に，夫に書置きなどの方法で離婚の意思を伝え，可能であれば，協議離婚というのがよいのではないでしょうか。
夫が離婚に応じない場合や，親権を争う場合は，家庭裁判所に離婚調停を申し立てるしかないです。

慰謝料，親権，養育費についてお尋ねですが，親権は，上記のとおり，あなたのお話を聞く限り，争いとなっても問題はなかろうと思います。
養育費についてですが，夫が給与所得者であれば，公的な書類（調停調書などの裁判所で作った書面や公正証書）があれば，給与差押えという方法で，毎月の支払いを確保することも可能です。
夫が公正証書作成に協力しない場合は，家庭裁判所に調停を申し立てることになります（離婚調停を申し立てている場合は，離婚とともに話合いの対象にできます）。

慰謝料についてですが，証拠の有無が問題になるということと，仮に裁判所が慰謝料を認めるとして，借金だらけの夫から回収できるか，という点で難しいかもしれません。

不貞相手の氏名，住所は把握していますか？
把握しているのであれば，「不貞関係を断たなければ慰謝料請求せざるを得ない。」といった内容の書面を出し，不貞相手に，事の重大さを認識してもらう，という方法が考えられます。
書面は，可能であれば，弁護士に依頼して，弁護士名で出すのがベターでしょう。

１　慰謝料
　　可能ですが，夫が争って，裁判などになった場合，裁判所が認定する金額は，あなたが想定している金額より低くなるかもしれません。
２　１千万円の返還の必要
　　自宅購入の際，夫の両親から資金援助を受けている点については，財産分与において考慮すべきことであり，夫に対して「返す」必要はないです。
旅行に連れて行ってもらった点についても返還の必要はないです。夫の給与は，あなたが家事育児等で協力していたからこそ得られたと考えられます。夫の給与から旅行費用を支払ったとしても，そもそも夫の給与は，夫婦が協力して得たものであるので，あなたが後ろめたさを感じる必要はありませんし，返還の必要もありません。
３　公正証書作成
　　公正証書の作成は，夫とあなたが事前に公正証書にする内容を合意しておく必要があり，２人で公証役場に赴いて署名押印をする必要があります。要は，夫の協力が不可欠となります。お話をうかがっている限り，なかなか夫の協力を得るのは難しいようにも思われますが，いかがでしょうか。
４　親権の獲得
　　あなたがお子さんたちの育児を主に担当しており，その育児に特段の問題がなければ，親権の争いになったとしても，あなたの方が有利な立場にあると考えられます。
５　適切な財産分与
　　お互いに財産を開示するところから始めることになります。