夫は「別居していても自分の家」という感覚なのでしょうが，別居中である以上，居住権者の承諾なく侵入するのは問題です。仮に，ご自宅の所有名義又は賃貸借の契約者名義が夫であっても，優先されるべきは実際に居住している方の生活の平穏だと考えます。

そのため，夫に対し，「別居しているのだから，少なくとも同居を再開するまでは鍵を渡してほしい。家に来る用事があるなら，事前に連絡の上，私の承諾を得てから来て欲しい。」と伝えるべきでしょう。

それでも夫が言うことを聞かない場合，可能であれば，弁護士に依頼し，弁護士から注意してもらう，というのは有効な方法かと思います。
この点，警察に相談しても，まだ離婚していないことや暴力沙汰が生じていないことを理由にあまり親身に相談に乗らない可能性があります。

１　家計から返済した夫の借金
　　夫の生命保険の解約返戻金で夫名義の債務を返済したため，財産分与において当該返済をどのように考えるべきか，ということですね。
　　夫の借入金債務が，どのような理由に基づくものかにより評価が異なるように思います。
　　夫が，家庭の維持と全く関係ない理由（ギャンブル，リスクが高い投資など）で借り入れたのだとすれば，財産分与においてその債務を考慮するべきではないことになり，債務の返済に充てた解約返戻金は，「あったはずの財産」として財産分与の対象とすべきだ，という主張は可能なように思います。
　　これに対し，夫が生活費の補てんとして借入れたのだとすれば，上記の主張は難しいでしょう。
２　おばあさまの減収
　　建前から言えば，全く考慮されることはないでしょう。
　　養育費というのは，未成熟の子に対して扶養義務（生活保持義務）を負う父母が，離婚後にその義務をどのように分担するかという問題であり，生活保持義務より弱い扶養義務（生活扶助義務）しか負わず，かつ，副次的な扶養義務しか負担しない祖母は，養育費算定において考慮すべき対象ではないからです。
　　そのため，おばあさまの減収というあなたたちの生活に対する「事実上の影響」を主張し，算定表以上の養育費を求めること自体は構わないのですが，それが認められるかどうかは夫次第です。
３　３月は生活費を交付されていない，ということですので，同居中と言えど，夫は妻子に対する扶養義務を果たしていないことになります。そこで，早急に婚姻費用分担調停を申し立てることをお勧めします。

夫に対する慰謝料請求なら可能と思われますが（ただし，証拠の内容次第です），相手の女性の名前や住所が分からなければ，そもそも慰謝料請求自体ができません。

慰謝料の金額が１００万円が相当か否かについてですが，お話の内容からすると，「離婚せざるを得なくなったこと」に対する慰謝料，ということですよね。
一般的にそれが妥当かどうかより，あなたのお気持ちが１００万円で納得できるかどうかで考えた方がいいのではないでしょうか。

そもそも，あなたに離婚する意思がないなら離婚に応じる必要はないのではないでしょうか。
別居が続けば，いずれは離婚せざるを得なくなるのはたしかですが，今すぐ応じる必要はないでしょう。
犬，猫の飼育代が不安であれば，今すぐ離婚するよりも，夫に生活費(婚姻費用)を求め，離婚しなければならなくなるまでの間，しっかりお金を支払ってもらったらいかがでしょうか。もちろん，離婚するまでの間になります。
他方で，離婚した後犬猫の「養育費」をもらうことはできません。人間の子ではないからです。
養育費ではなく，合意で，今後かかるであろう飼育代の半分を支払ってもらうということは考えられますが，夫が応じなければ，そのような合意はできません。人間の子と違って，養育費の支払を強制することもできません。

ところで，なぜ，夫が請求に離婚を求めてくるのか，思い当たることはありますか？
例えば，夫に疑わしい女性関係はありますか(夫に女性関係について直接尋ねるべきではないので，ご注意ください)。
あなたの話をうかがう限りだと，何故，夫が突然離婚を求めるようになったのか，有無を言わさず実家に帰ったのかまるでわからないため，女性関係かなと思いました。

「今回の調停で確実に離婚を決めたい」とのことですが，そもそも，調停というのは，裁判所が何らかの結論を下す手続ではなく，双方当事者が話し合いを行う手続なので，夫が同意しない限り「調停で」離婚をすることはできません。

調停不成立後，離婚訴訟を提起すれば，裁判官が離婚が認められる，認められないの結論は出してくれます。
離婚訴訟で「確実に離婚を決めたい」のであれば，別居を先行すべきです。
前回の離婚調停で，夫は離婚を拒否したとのことであり，離婚訴訟を提起しても離婚を拒否する可能性があるため，「別居」という事実を作っておく必要があります。できれば，３年は別居してからの離婚訴訟が望ましいです。

次に，「私だけ別居する決意もあります」「その場合親権は夫にいってしまうのでしょうか。」とのことですが，訴訟で親権が争われた場合に，夫を親権者として指定される可能性はありますが，絶対ではないと思われます。逆に，あなたが親権者として指定されるかどうかも不確実です。
子どもにとって，どちらの親に親権があった方がよいか，という視点で判断されますので，あなたが子供を置いて単身別居した，という事態はあまり好ましくはありません。もっとも，別居後も密にお子さんと関わっていれば，親権が認められる場合もあると思います（絶対ではありません）。
そのため，可能であれば，別居の際にお子さんも連れていくべきですが，それが無理なら，別居後もくまなくお子さんの世話をして，世話をしている証拠を作っておくべきではないかと思います。

養育費の点ですが，養育費は，親権がある親にではなく，実際に子どもを監護（子どもの世話など）をしている親に対して支払われるものです。
そのため，夫が言う「一緒に住んでもいない子どもに養育費なんて払わない」というのはおかしなことです。
あなたが，離婚に際し，お子さんたちと離れて生活していた場合，夫が「監護権者」となるので，あなたの親権の有無にかかわらず，あなたが夫に対して養育費を支払うべきこととなりますので，ご注意ください。

もう一度，離婚調停を申し立てたらいかがでしょうか。

前回の調停は「夫が上手で口で勝てないと思い」取り下げたとのことですが，調停は，「相手を言い負かした方の勝ち」の手続ではありません。夫と直接離婚について話し合うわけではないので，あなたは，ご自身の気持ちや同居中の出来事を淡々と調停委員に伝えればよいです。
諦めずに頑張ってください。

できれば，夫が受けたカウンセリングや講習の資料などをコピーをして持って行った方がよいと思います。本日から別居ということで難しいのかもしれませんが。
次回の調停の際に，「夫が改心するというので同居を再開したが，夫はカウンセリングなどもすぐやめてしまって，元に戻ってしまった。もう信用できない」と主張するとして，その裏付けの資料になります。

それでもお一人で調停手続をするのが難しければ，弁護士に依頼することもご検討ください。

浮気まがいをした，ということと親権の問題は直接は関係していないので，そこはあまり気にしなくてよいです。

重要なのは，誰がお子さんの面倒を見てきたか，その育児等に問題はなかったか，お子さんの年齢などの事情であり，浮気まがいのことをしようが，お子さんにとって父母いずれが親権者として相当か，という観点から判断されます。