難しいというか、話を避け続けるんじゃないでしょうか？
とりあえず、家裁で、調停をし、彼が考えざるを得なくする方が、いずれ早いのでは。
あるいは、調停を申し立てたとたん、彼が、話をするようになるかもしれません。

離婚後の親権者変更は家庭裁判所の判断が必要（民法819条6項）です。坂邸裁判所は、子の幸福という観点から検討するので、たとえ相談者がその同意書に署名したからといって、それだけで夫の希望で親権者変更が可能になるわけではありません。まして、夫の信仰や主義だけで決められるものでもありません。少なくとも日本においては信教の自由があり、単一の信仰を強制させられる社会ではないからです。
むしろ、親権者が自信の信仰を子に強制していたようなケースで、非親権者からの親権者変更を認めたような事案はあります。

上記のように同意書だけで親権者変更が安易に認められるようなことはないと思いますが、同意してしまえば、トラブルの原因になったり、認められるかは別として不利な材料として夫の主張の根拠に据えられる可能性はあるので、子にとって不利益と考えるなら同意すべきではないでしょう。
夫も子の父である以上、彼の宗教観や信仰に対する配慮も無視してよいとまでは考えませんが、突き詰めれば子がどのような環境や社会で今後生きていくかの問題であって、少なくとも裁判所も同様に考えるものと推察します。
したがって、ひとまずの方策としては、夫への配慮も考えるが、子の幸福の観点から夫の意向に全て同意するかは別問題として、それで夫が納得できないなら、離婚調停、離婚訴訟と、家庭裁判所で親権の所在を争っていくほかないように思います。

苗字(姓、氏)を変える申立ができるのは、変更しようとしている氏の戸籍の筆頭者です。第三者が変えさせることはできません。
そのような理不尽な要求をしてくる人にはそもそも言っても無駄かもしれませんが、例えば表記・表音上は同じ「佐藤」という苗字でも別々の戸籍になっている場合、法的には別の氏と考えます。相手の理屈が通るなら、身の回りにいる「佐藤」さんにも変更を要求できることになってしまいますね。法はそんなことを許容していません。よって、無視して良いです。

慰謝料の根拠があるのかによります。
単なる性格の不一致のような場合には理屈上慰謝料は発生しません。

すでに数年別居しており、相談者が子らを監護してきたのであれば、今後の生活設計や子らの進学などのために準備や転居することが何か不利に作用するということは考えにくいです。

婚姻費用について。当事者間で金額の合意がない場合は、裁判所の算定表を基に決めることが多いので、まずは算定表を参照してみてください。インターネットで裁判所、算定表、などと検索するとすぐに出てくるはずです（もしくは大型の書店で法律家向けの書籍を探す）。算定表では、双方の収入、お子さんの年齢、人数により大体の金額が出るようになっています。
算定表を確認し、２０万円という金額が過大なら、算定表上の合理的な金額だけ支払うなり、相手が調停を申し立てるのを待ってみるなり、することになるかと思います。
調停では基本的に上記算定表を基準に決めたいと主張すれば、双方合意があったという場合を除けば、まず算定表ベースで話しが進みます。その場合でも、事情によっては算定表以下の金額しか支払わないという主張も一応考えられます（従前の経緯からすでに十分な金額を支払い済みであるとか）。このあたりは細かい事情にもよるので、直接弁護士に相談してみた方が良いかなとは思います。
また、カードについては、もしまだならすぐに妻が使えないようにしてください。放置しておくと、黙示的に使用を同意していたなどといわれかねませんので。
さらに、婚姻費用は離婚するまでは発生するとされていますので、相談者にとって、婚姻関係を継続する意思がないなら、離婚調停を申し立てることが考えられます。妻が離婚に応じないなら、さらに離婚訴訟を行う必要がありますが、婚姻期間が短いので、相対的に短い別居期間で離婚が認められる可能性があります（調停や訴訟をしているうちに別居期間が数ヶ月、１年以上とたっていく。）。離婚の意思が明確なら、それを客観的に明らかにするためにも離婚調停を起こすことが考えられます。

以上、前記のとおり細かい事情によるところもあるので、より詳しく、正確には、一度お近くの弁護士に直接相談してみることも検討してみてください。

申立書の記載は、あくまで申立人の希望としてのものですので、相手方たる相談者に別の希望や意見があれば、相談者の主張として申し立てられた調停で主張すればよいです。調停は最終的には当事者双方の合意が形成できるのかに尽きますので、合意が成立する限り、申立書の記載にのみ拘束されるわけではありません。
相談者から何も言わなくても、調停員という人たちから、相談者は離婚に応じる気持ちはあるのかや、そうだとして、年金分割等の希望はあるのか、といったことは聞かれるはずです。事前に相談者の希望を書面で出してもよいですし、調停の期日で相談者からご自身の希望を述べても、どちらでも構いません。弁護士をつけておらず、調停の勝手がわからないなら、まずは期日に出向き、口頭で希望を述べるで構いません。調停員が申立人に相談者の希望を伝えてくれますので。