親権は未成年子に対するものです(民法818条1項)。18歳で成年に達するということは、その時点で親の親権から離れることになります。親権には子の財産管理も含まれていますが、お子さんが成年に達すれば妻はもはや親権者ではなくなりますので、親権者として財産管理をすることは法的にはできません。法的には成年した子に直接食費等を渡すことは問題ないですし、妻に渡す法的な義務があるわけでもありません。
もちろん、子も含めた皆で話し合って妻が管理したり、子が自分の判断で妻に管理してもらうこと自体は構いません。
なお、成年に達するかは年齢で決まることなので、大学生かどうかなどは直接関係ありません。

父か母かでは親権は決まるわけではありませんが、これまでのお子さんの監護を担ってきたのが相談者なのであれば、その点では相談者が有利です。
より盤石にするには、別居や離婚後のお子さんの監護をどのようにするのかをできうる限り具体的に計画、実行していくことです。離婚するとなれば、当然別居することになりますから、別居後の住居や仕事、監護補助者の有無等について検討しておく必要があります。

＞子どもを私に預けてアパートで寝泊まりしています
これは現在の話しではないのですか。ご相談者のもとにお子さんがいるなら引渡請求は不要です。早急に十分な監護態勢を準備し、妻からの監護者指定及び子の引渡し請求に備えるべきです。
もし今は妻の元にいるということなら、逆に相談者の側から監護者指定及び子の引渡しの手続を取る必要があるかと思います。その場合、妻の従前の監護がどのようなものだったのか、時系列でまとめて直接弁護士に相談されることも検討されるべきかと思います。

まだ面会交流の内容について合意ができているわけではないようですから、拒絶が直ちに問題になるとか違法になるという評価まではされないでしょう。現実的な対応としては、面会交流の回数や方法などのあなたの希望を夫に伝えてみてはいかがでしょうか。あなたの要望のとおりであれば面会交流を実施しても良いのであれば、提案しているわけですから不当に拒絶していることにはなりませんし、その段階ではいわば協議中の段階ということです。
それでも合意に至らなければ家庭裁判所で面会交流調停の中で話し合うことも検討することになります（多くの場合は面会したい側、今回だと夫が申し立ててくるものではありますが）。
当事者同士での合意や調停・審判で決まったにもかかわらず不当に拒絶を伝えつづけた場合は慰謝料請求されるおそれがあります。
また、今後親権争いになった際に面会交流に寛容かという点はひとつの考慮要素にはなります。この点も拒絶したから直ちに不利になるというものではありませんし、実施を前提に協議している分にはあなたの提案がよほど不合理でない限り問題にはならないでしょう。あくまで一要素として考慮される可能性はある、というところです。

親権は成年に達するまでの子に対する概念ですので、お子様二人はすでに親権に服することなく、自身で居所等の判断ができることになります。相談者と一緒に暮らすのかどうかは、お子様方それぞの判断で行う、というのが理屈になります。
婚姻時、相談者が姓を変えている場合、現在の戸籍の筆頭者は夫で、離婚する場合、相談者は新たな戸籍を作るか、元の戸籍に戻ることになります。お子様二人は、そのまま夫筆頭者の戸籍に残ることになります。
子が相談者と同じ戸籍に記載されるためには、子が家庭裁判所に氏の変更許可の審判を申し立て、相談者と同じ氏（姓）になる必要があります。成年しているので、これはお子様方ご自身の判断で、お子様方それぞれが自分で申し立て手続きも行うことになります。
なお、同じ戸籍にのるかということは親子関係そのものとは一切関係がありませんので、別の姓のまま相談者と同居しようが、それはお子様方の自由となります。日本社会では、未だに戸籍の記載や氏（姓）に特別な価値を見いだす人が多くあるように思いますが、戸籍は実際には行政が管理する住民の帳簿のようなもので、戦前と異なり、「同じ」戸籍ということに法的な意味や価値はなにもありません。
「跡取り」のような仕組みも制度も存在していません。
まとめると、夫の希望はともかく、相談者の経済力といった事情とは無関係に、成年している以上お子様自身が、居所も、戸籍も選択可能ですし、お子様本人が決めるべき、ということです（未成年者の場合は親権者が子本人に代わり決められる）。
ちなみに、戸籍が異なろうと親子関係があることに変わりはありませんので、夫が子に何かを継がせたいなら、それもまた戸籍とは無関係にやればよいだけということになります。

現行法上、離婚後の親権者は必ず父母のどちらかになります。あなたが親権者となれば、むしろ当然にあなたと息子さんが一緒に暮らすことになります。
離婚時に夫が同意すればあなたが親権者になれますし、もし同意なき場合は調停や訴訟等で決めていくことになりますが、高校生ということで息子さん本人の意思は必ず確認されますし、相当程度考慮されます。

モラハラがどのような内容なのか次第でもありますので、イコールあなたに有利になるかは何ともいえません。もちろん、夫が欲しいと言ったからといって、それだけで夫の親権が認められるわけでもありません。いずれにせよ、家庭内のことについて、後から証拠を出すことは難しいので証拠という意味だけでなく備忘としてもメモや日記は残しておいた方がよろしいでしょう。

親権や監護権は、それまでどちらが中心に子育てをしてきたのか、その内容、別居後や離婚後にどうやって監護していくのか、手伝ってくれる人の有無（監護補助者）等など、あらゆる事情から総合考慮されます。
出産後、あなたが中心に子育てをしてきた（子どもと多く接してきた）のであれば、あなたが有利と考えるのが一般的でしょう。