「調停離婚」のためには，まず，家庭裁判所に調停申立書を提出する必要があります。
親権，養育費，財産分与をご希望ということですので，調停申立書にその旨を記載します。
なお，調停が成立した場合，家庭裁判所が「調停調書」という書面を作成しますので，別途，公正証書を作成する必要はありません。調停調書は，いわゆる裁判の判決と同一の効力がある強力な書類です。

調停申立てには，戸籍全部事項証明書が必要になるため，取得しておくことをお勧めします。

調停申立てや調停手続での主張や発言に自信が持てない場合は，弁護士を代理人とすることも一つの考えです。

うつ病＝働けないとは限らないので，働けないという診断書などが出されない限りは，夫の収入を０円と考える必要はないです。現に月に数日程度は出勤しているということですから，実際に給与はもらっているでしょうし，実情によってはそれ以上の給与を得ることができたと考えて，強気に攻め立ててもよいと思います。

婚姻費用の調停は不成立となれば審判手続に移行するので，最終的には裁判官が結論を出してくれます。
離婚の方も調停が不成立となれば訴訟を提起することができるので，養育費も訴訟において検討すべきこととなるでしょう。

息子さんたちは，夫よりあなたと生活することを望んでいますか？
仮に，そうであれば，あなたがお子さんを連れて別居したうえで夫に離婚を請求した場合，離婚に際し，夫が親権を争ってきても，裁判所はあなたを親権者として指定する可能性が高いと考えます。

次に，マンションの売却ですが，「今日労名義でローンを組んだ」とのことですので，おそらく，所有権についても共有ということですよね。そうだとすると，売却には当然共有持分権者である夫の同意も必要です。また，抵当権者が抵当権抹消に応じてくれることも条件になります。要は，抵当権の被担保債権（残ローン）を一括で返済してしまう必要があります。上記２つの点をクリアできれば，売却は可能です。

慰謝料については，モラハラの証拠の有無の点のほか，証拠があっても，その内容が，誰が聞いてもこんなことを言われたら精神的苦痛を感じる，一般的に我慢の限界を超えているといえるレベルであることを要すると考えます。要は，単に高圧的だとか命令口調というにとどまらず，聞いていてうんざりするような人格否定，罵倒等を要するということです。

オンラインではなく，電話会議による調停への参加は可能です。調停申立ての際に電話による参加を希望する旨を，別途，上申書などに記載しておくと対応してくれます。

１　慰謝料
　　可能ですが，夫が争って，裁判などになった場合，裁判所が認定する金額は，あなたが想定している金額より低くなるかもしれません。
２　１千万円の返還の必要
　　自宅購入の際，夫の両親から資金援助を受けている点については，財産分与において考慮すべきことであり，夫に対して「返す」必要はないです。
旅行に連れて行ってもらった点についても返還の必要はないです。夫の給与は，あなたが家事育児等で協力していたからこそ得られたと考えられます。夫の給与から旅行費用を支払ったとしても，そもそも夫の給与は，夫婦が協力して得たものであるので，あなたが後ろめたさを感じる必要はありませんし，返還の必要もありません。
３　公正証書作成
　　公正証書の作成は，夫とあなたが事前に公正証書にする内容を合意しておく必要があり，２人で公証役場に赴いて署名押印をする必要があります。要は，夫の協力が不可欠となります。お話をうかがっている限り，なかなか夫の協力を得るのは難しいようにも思われますが，いかがでしょうか。
４　親権の獲得
　　あなたがお子さんたちの育児を主に担当しており，その育児に特段の問題がなければ，親権の争いになったとしても，あなたの方が有利な立場にあると考えられます。
５　適切な財産分与
　　お互いに財産を開示するところから始めることになります。

現在，夫から生活費をもらっていない，又は，もらっていても生活するのに不十分であれば，家庭裁判所に婚姻費用分担調停を申し立てるということが考えられます。
一般的には，別居後に婚姻費用を請求するのですが，婚姻費用は，夫婦相互の扶助義務に基づくものなので，同居中であっても，夫が扶助義務を果たさないなら請求ができることになります。

理屈の上では，必ずしも調停を申し立てなくても婚姻費用の請求はできるのですが，夫があなたのいうことを聞くようには思えないので，最初から調停を申し立てた方がよいのではないかと思いました。

気になるのは，夫が５月にアパートの賃貸借契約を解除するといっていることです。あなたは済み続けたいということですよね。そうだとすると，賃借人の地位を承継することになるのだと思うのですが，それを賃貸人が承諾するかということが問題です。その点は検討しておいた方がいいのではないでしょうか。

１　家計から返済した夫の借金
　　夫の生命保険の解約返戻金で夫名義の債務を返済したため，財産分与において当該返済をどのように考えるべきか，ということですね。
　　夫の借入金債務が，どのような理由に基づくものかにより評価が異なるように思います。
　　夫が，家庭の維持と全く関係ない理由（ギャンブル，リスクが高い投資など）で借り入れたのだとすれば，財産分与においてその債務を考慮するべきではないことになり，債務の返済に充てた解約返戻金は，「あったはずの財産」として財産分与の対象とすべきだ，という主張は可能なように思います。
　　これに対し，夫が生活費の補てんとして借入れたのだとすれば，上記の主張は難しいでしょう。
２　おばあさまの減収
　　建前から言えば，全く考慮されることはないでしょう。
　　養育費というのは，未成熟の子に対して扶養義務（生活保持義務）を負う父母が，離婚後にその義務をどのように分担するかという問題であり，生活保持義務より弱い扶養義務（生活扶助義務）しか負わず，かつ，副次的な扶養義務しか負担しない祖母は，養育費算定において考慮すべき対象ではないからです。
　　そのため，おばあさまの減収というあなたたちの生活に対する「事実上の影響」を主張し，算定表以上の養育費を求めること自体は構わないのですが，それが認められるかどうかは夫次第です。
３　３月は生活費を交付されていない，ということですので，同居中と言えど，夫は妻子に対する扶養義務を果たしていないことになります。そこで，早急に婚姻費用分担調停を申し立てることをお勧めします。