１　慰謝料
　　可能ですが，夫が争って，裁判などになった場合，裁判所が認定する金額は，あなたが想定している金額より低くなるかもしれません。
２　１千万円の返還の必要
　　自宅購入の際，夫の両親から資金援助を受けている点については，財産分与において考慮すべきことであり，夫に対して「返す」必要はないです。
旅行に連れて行ってもらった点についても返還の必要はないです。夫の給与は，あなたが家事育児等で協力していたからこそ得られたと考えられます。夫の給与から旅行費用を支払ったとしても，そもそも夫の給与は，夫婦が協力して得たものであるので，あなたが後ろめたさを感じる必要はありませんし，返還の必要もありません。
３　公正証書作成
　　公正証書の作成は，夫とあなたが事前に公正証書にする内容を合意しておく必要があり，２人で公証役場に赴いて署名押印をする必要があります。要は，夫の協力が不可欠となります。お話をうかがっている限り，なかなか夫の協力を得るのは難しいようにも思われますが，いかがでしょうか。
４　親権の獲得
　　あなたがお子さんたちの育児を主に担当しており，その育児に特段の問題がなければ，親権の争いになったとしても，あなたの方が有利な立場にあると考えられます。
５　適切な財産分与
　　お互いに財産を開示するところから始めることになります。

別居５か月目に離婚調停を申し立て，すでに不成立で終わったということでしたら，次は，離婚訴訟を提起することになります。
気になるのは，「不貞行為を認めるという書面」を送った，という点です。
これは，夫に対して，「元夫と不貞をした」という内容の書面を送ったという意味でしょうか。
それは事実なのか，夫に離婚を認めさせるために嘘なのか，どちらでしょうか。

貴方が離婚を希望する理由は，いずれも証拠があるようなものではないと思いますが，同居期間が５か月と短いこと，すでに別居して７か月が経過していることを考えれば，離婚訴訟において婚姻関係破綻が認められる可能性があるように思います。

そのため，元夫との間に不貞関係がないのであれば，離婚訴訟で争ってもよいと思います。

オンラインではなく，電話会議による調停への参加は可能です。調停申立ての際に電話による参加を希望する旨を，別途，上申書などに記載しておくと対応してくれます。

「夫と直接話し合わずに」離婚するとなると，⑴離婚調停を申し立てる(調停不成立の場合は離婚訴訟を提起)か，⑵代理人(弁護士)を立てて，書面で離婚を求める，⑶あなたご自身が何らかの方法で夫に離婚届を渡して，署名押印を求める，のいずれかの方法ではないかと思います。

親権については，これまで主にお子さんの世話をしていたのがあなたなのであれば，お子さんの年齢からしても，あなたが親権者に指定されることはほぼ間違いないと思われます(よほどその世話に問題があれば別ですが)。

現実的には，あなたがお子さんを連れて(必ずお子さんは連れていってください)ご実家に転居する形で別居してから離婚に向けて動くことになると思います。

慰謝料は，これまでの夫の暴言などについてどこまで証拠があるか，によりますが，それほどの金額にはならないと思った方がいいです。

一番の問題は，ご自宅でしょう。賃貸物件ということだと思いますが，あなたが家を出て夫がそこに住み続けた場合，夫が家賃を支払わなければ，対外的には，借主であるあなたが賃料を支払わなければならないからです。

１　家計から返済した夫の借金
　　夫の生命保険の解約返戻金で夫名義の債務を返済したため，財産分与において当該返済をどのように考えるべきか，ということですね。
　　夫の借入金債務が，どのような理由に基づくものかにより評価が異なるように思います。
　　夫が，家庭の維持と全く関係ない理由（ギャンブル，リスクが高い投資など）で借り入れたのだとすれば，財産分与においてその債務を考慮するべきではないことになり，債務の返済に充てた解約返戻金は，「あったはずの財産」として財産分与の対象とすべきだ，という主張は可能なように思います。
　　これに対し，夫が生活費の補てんとして借入れたのだとすれば，上記の主張は難しいでしょう。
２　おばあさまの減収
　　建前から言えば，全く考慮されることはないでしょう。
　　養育費というのは，未成熟の子に対して扶養義務（生活保持義務）を負う父母が，離婚後にその義務をどのように分担するかという問題であり，生活保持義務より弱い扶養義務（生活扶助義務）しか負わず，かつ，副次的な扶養義務しか負担しない祖母は，養育費算定において考慮すべき対象ではないからです。
　　そのため，おばあさまの減収というあなたたちの生活に対する「事実上の影響」を主張し，算定表以上の養育費を求めること自体は構わないのですが，それが認められるかどうかは夫次第です。
３　３月は生活費を交付されていない，ということですので，同居中と言えど，夫は妻子に対する扶養義務を果たしていないことになります。そこで，早急に婚姻費用分担調停を申し立てることをお勧めします。

息子さんたちは，夫よりあなたと生活することを望んでいますか？
仮に，そうであれば，あなたがお子さんを連れて別居したうえで夫に離婚を請求した場合，離婚に際し，夫が親権を争ってきても，裁判所はあなたを親権者として指定する可能性が高いと考えます。

次に，マンションの売却ですが，「今日労名義でローンを組んだ」とのことですので，おそらく，所有権についても共有ということですよね。そうだとすると，売却には当然共有持分権者である夫の同意も必要です。また，抵当権者が抵当権抹消に応じてくれることも条件になります。要は，抵当権の被担保債権（残ローン）を一括で返済してしまう必要があります。上記２つの点をクリアできれば，売却は可能です。

慰謝料については，モラハラの証拠の有無の点のほか，証拠があっても，その内容が，誰が聞いてもこんなことを言われたら精神的苦痛を感じる，一般的に我慢の限界を超えているといえるレベルであることを要すると考えます。要は，単に高圧的だとか命令口調というにとどまらず，聞いていてうんざりするような人格否定，罵倒等を要するということです。

お子さんがいないのであれば，おっしゃるとおり，収入が高い奥様があなたに婚姻費用分担を求めても意味はないです。
さらに言うと，奥様が不貞をした挙句家を出て行って婚姻費用分担を求めてきたのだとすれば，そもそも婚姻費用の請求自体が認められないです。信義誠実の原則に違反するから，というのがその理由ですが，平たく言えば，一般的に見てそのような請求は認めるに値しない，ということです（お子さんがいれば，お子さんの分の費用は認められます）。

そのため，お二人の間にお子さんがいない場合は，奥様が何を求めているのか，私にも分かりません。住宅ローンの支払いのことでの話し合い，ということなのかもしれませんが。
すでに調停を申し立てられているということなので，出席してみて奥様の要望を聞いてみてはいかがでしょうか。