不貞慰謝料又は離婚慰謝料が必ず配当原資に充てられなければならないかというと，疑問に感じます。
以下の点は，少し専門的な話になりますが，詳しく説明すると長くなるので，分かりやすい説明は割愛します。
自宅を所有しながら破産となると，他の資産の有無や残ローンと自宅評価額との差額にもよりますが，管財事件になる可能性が高いと思われます。
管財事件だと，自由財産の拡張の申立てが可能であり，慰謝料については，自由財産拡張を申し立てればそれなりの金額は拡張が認められるように思います。
要は，破産しても慰謝料を（全額ではないかもしれませんが）手元に残せる可能性があるということです。

妻に対する慰謝料請求を認めさせるに足りる証拠が揃っているのであれば，慰謝料請求を先行し，勝ち取った慰謝料から申立費用を捻出して破産申立てをするというのでもよいように思いますが，詳しい事情が不明なので明確な回答はできません。

「夫と直接話し合わずに」離婚するとなると，⑴離婚調停を申し立てる(調停不成立の場合は離婚訴訟を提起)か，⑵代理人(弁護士)を立てて，書面で離婚を求める，⑶あなたご自身が何らかの方法で夫に離婚届を渡して，署名押印を求める，のいずれかの方法ではないかと思います。

親権については，これまで主にお子さんの世話をしていたのがあなたなのであれば，お子さんの年齢からしても，あなたが親権者に指定されることはほぼ間違いないと思われます(よほどその世話に問題があれば別ですが)。

現実的には，あなたがお子さんを連れて(必ずお子さんは連れていってください)ご実家に転居する形で別居してから離婚に向けて動くことになると思います。

慰謝料は，これまでの夫の暴言などについてどこまで証拠があるか，によりますが，それほどの金額にはならないと思った方がいいです。

一番の問題は，ご自宅でしょう。賃貸物件ということだと思いますが，あなたが家を出て夫がそこに住み続けた場合，夫が家賃を支払わなければ，対外的には，借主であるあなたが賃料を支払わなければならないからです。

１　親権
　　父母いずれが主な監護者（お子さんの世話をする人）といえるか，主な監護者による監護が適切といえるかが重要な判断基準となります。
　　奥様が「昨年度から」「家事，育児にも参加しなくなりました」とのことですが，①奥様が現在どのような生活をしているのか，②奥様はお子さんたちと日常的にどのようにどれくらいの時間触れ合っているのか，③育児につき「私と私の両親が子どもの世話をしている」とのことですが，あなたご自身はどのような育児をされているのか，④お子さんたちは奥様のことをどのように思っているのか，がポイントではないかと思います。
　　ご留意いただきたいのは，奥様との間で離婚の話になった場合に，奥様がお子さんたちを連れて別居するおそれがあるので，それを断固阻止しなければならないということです。仮に，昨年から奥様が育児を一切行っていなかったにしても，お子さんの年齢からすると，奥様がお子さんを連れて別居に踏み切った場合，あなたが親権者，監護権者となることは困難となる可能性が高いです。
２　慰藉料
　　奥様の不貞の具体的な証拠がないとのことですね。
　　奥様が不貞の事実を認めるのであれば，証拠は必ずしも必要ではありませんが，通常，不貞を認めることはないでしょう。
　　奥様のお姉様の証言だけだと証拠としては弱いと思われます。
　　お姉様が協力してくださるのであれば，奥様に対し，LINE等で具体的な不貞についての事実関係を尋ねていただき，奥様の回答を証拠とする，というのは一つの方法かもしれません。また，奥様が，現在もその相手と不貞関係にあるのであれば，直接的な証拠を取得する可能性もあるかもしれません。
３　養育費
　　あなたが，お子さんの親権者，監護権者となれば，当然奥様に対して養育費の請求が可能です。

夫が他の女性と電話して「一緒に住みたい」などと言っているのであれば，それを録音しておいた方がいいと思います。
今後，夫から正式に離婚請求がされた場合に証拠として使えます。

現在，夫から生活費をもらっていない，又は，もらっていても生活するのに不十分であれば，家庭裁判所に婚姻費用分担調停を申し立てるということが考えられます。
一般的には，別居後に婚姻費用を請求するのですが，婚姻費用は，夫婦相互の扶助義務に基づくものなので，同居中であっても，夫が扶助義務を果たさないなら請求ができることになります。

理屈の上では，必ずしも調停を申し立てなくても婚姻費用の請求はできるのですが，夫があなたのいうことを聞くようには思えないので，最初から調停を申し立てた方がよいのではないかと思いました。

気になるのは，夫が５月にアパートの賃貸借契約を解除するといっていることです。あなたは済み続けたいということですよね。そうだとすると，賃借人の地位を承継することになるのだと思うのですが，それを賃貸人が承諾するかということが問題です。その点は検討しておいた方がいいのではないでしょうか。

お子さんの出産が，元夫との婚姻成立から２００日経過後であれば，嫡出推定（民法７７２条２項）が及ぶため，父子関係を否認するには，元夫が子の出生を知った時から「１年以内に」嫡出否認の訴えを提起しなければなりません（７７７条）。
しかし，すでにお子さんが３歳になったということなので，上記の場合であれば，原則として，元夫との間の嫡出子であることを否認できず，父子関係は切れないことになります。
例外的に，外形的客観的に見て元夫との関係が明らかに破たんしていた場合などは親子関係不存在確認の訴えによることもできる可能性がありますが，お話を聞く限り，これには該当しないように思います。

他方で，出産が元夫との婚姻成立から２００日以内であれば，嫡出推定が及ばない嫡出子になるので，親子関係不存在確認の訴えが可能です。
この方法により，元夫とお子さんとの父子関係を断つことができれば，実の父親に対し，認知を求め，認知後に養育費を請求することが可能です。

「別れたくない」ということですが，既に離婚されているので，別れていますよね。
元夫が「何度かアパートに来て」いたとしても，期間が1週間程度のようですので，事実婚のように法的に保護される関係性には至っていないように思われます。

他の女性とうまくいかなくなったからあなたのところに戻り，その女性と復縁できそうだから戻らないというような，いい加減な元夫に振り回されている印象を受けます。
今，あなたが元夫と「別れたくない」と言ったところで，そのようないい加減な付き合いをする元夫との関係を維持すべきなのかどうか，それが子の母親として適切な選択なのかどうか，よく考えた方がいいと思います。

なぜ，元夫と離婚したのか，思い出してみてはいかがでしょうか。