ご質問にお答えいたします。
本件の問題は、①夫が拒否した場合であっても入学手続を進めることができるのか、②夫に学費等の分担義務はないのか、という２つに分けられますので、以下、これに沿ってお答えいたします。

まず①についてです。
まだ離婚が成立していない状態ですと、父母が共同して親権を行使することが本来のかたちです。
お子さんの入学手続についても、父母双方の同意のもと進めることが望ましいといえます。
しかし、夫婦が別居して険悪な状態にあると、共同して親権を行使することが事実上不可能になることもあります。
このような場合、お子さんを実際に監護している側が単独で親権を行使することも認められ得ます（民法８１８条３項）。
実際に、入学予定の学校に対しきちんと事情を説明すれば、「絶対に夫の同意が必要である」とまでは言われないはずです。

次に②についてです。
まず前提として、夫婦が別居した場合、収入の低い側から高い側に対し、婚姻費用（生活費）の分担を求めることができます。
そして、標準的な婚姻費用ではカバーしきれない学費の負担が生じる場合、夫婦の収入に応じて公平に学費を分担するよう求めることができる場合もあります。
本件では夫も受験を応援していたということですから、お子さんの進学については同意があったものと考え、学費の分担を求めることも可能であると思われます。

なお、共有の預貯金から学費を出した場合、後に財産分与の場面で争いになることはあり得ます。
しかし、「共有の預貯金から学費を出すことが違法である」とはいえません。

難しいというか、話を避け続けるんじゃないでしょうか？
とりあえず、家裁で、調停をし、彼が考えざるを得なくする方が、いずれ早いのでは。
あるいは、調停を申し立てたとたん、彼が、話をするようになるかもしれません。

親権が父での離婚が不本意なら、この回答を見てすぐに役所に離婚届の不受理届を出してください(具体的なやり方が不明なら最寄りの役所で良いので電話して今すぐに届出の出し方を聞いてください。)。夫が離婚届を未提出なら、不受理届を出すことで夫を親権者とする離婚の成立をひとまず防止できますので。
万一、提出済みであった場合、後からの親権者変更は基本的に難しいと思ってください。合意により親権を父としている以上、後からの変更は、父に虐待とか、よほどの不適格な事情がないと原則は親権者変更は通りません。
繰り返しになりますが、とにかく、まずは離婚届が出されているかの勝負になりますので、この回答を見たら、上記のとおりすぐに役所に電話した上で不受理届提出の動きをしてください。

インターネット上でセックスレスを理由に離婚や慰謝料を認めた事例といって裁判例が引用されていたり、時々そういった裁判例を根拠に慰謝料を請求してくる弁護士もいますが、実際のところ、「セックスレス」を単独の理由として離婚原因や慰謝料の根拠となるとしているのであれば、それは誤りであると考えます。

夫婦の一方が子を切望しているのをわかっていながら特段の理由なく子作りを拒んだり協力しないとか、一方がレス解消に向けた努力をしているのに他方は無関心だったというような場合、離婚原因に繋がったり、慰謝料の理由となることはありえるとは思います。
しかし、相談者夫婦のように双方特に解消に向けた努力をしているわけでもなく、お子さんをもつということについて積極的な意向を示していない場合、慰謝料の支払義務が認められるとは考えづらいです。

もっとも、婚姻前、婚姻後の互いのライフスタイルやお子さんに関する意向の話し合いの有無・内容といったところにもよるので、記載内容だけで即断することは難しいため、相手に返答する前に弁護士の直接の相談も受けられたほうがよろしいかとは思います。

初めから返す条件で支払ってもらっていたというような（実際にはあまり考えられない）場合であればともかく、デート代のごときを「後から」請求しても法的には認められません。つまり、あなたが支払う必要はありません。法的には贈与にあたり、あげたもの、おごったものの返還請求は通りません。
怖いのはそうかもしれませんが、返すこともおすすめはしません。応じることで、要求がエスカレートすることもありえます。端的に断れば良いです。それでもしつこく連絡がくるようなら、警察や弁護士に直接相談しましょう。

最低限手術費用の折半は考えられます。合意があったなら、それに従い全額の請求もありえます。慰謝料は、妊娠がわかったのちの相手の対応等にもよってきます。
依頼されるかはさておき、どの程度の請求が認められそうなのか等、まずは弁護士の面談相談を受け、請求の見込みや依頼する場合の費用感について確認し、それから依頼するかも含め動き方を決められるのがよいと存じます。

財産分与→基本的に有責性の有無は関係なく決められます。双方が合意で決める場合に有責性を加味して金額を調整することは一応ありえます。
慰謝料→何をもって妻を有責とおっしゃているか、ご自身に不貞などの事情があるのかないのか、さらには従前の夫婦関係や時系列での経緯をうかがわなければ何ともいえない部分があります。一般論として妻にだけ、あるいは相談者ご自身にだけ有責となる事情があれば慰謝料請求は可能だとはいえますが、双方有責の場合にどうなるかは、上記のとおり詳細な事実関係次第のところがあります。

＞私は何をすれば良いのか？
まずは、お近くの法律事務所や相談会で直接面談での相談を受け、詳しい事情を伝えた上でアドバイスをもらうのがよいです。