退職金も財産分与の対象となるので，財産分与を検討する際に退職金を除外することはできません。

もっとも，退職金を含めた全財産の分与を検討したうえで，奥様に一定額を支払分ければならないとなった場合に，現時点で分与額を支払うのが困難であれば，長期の分割払いとするか，(奥様の同意が前提となりますが)退職金を受給した時点で一時払いとする，ということもあり得ると思います。

「主人が言っているお金」というのは，①夫があなたの代わりに支払った１２０万円の返金，②財産分与にあたって１００万円を夫に支払う，ということでしょうか。

仮に，そうだとすれば，いずれについても支払う必要はないように思います。

①については，そもそも真偽が疑わしいように思うのですがどうでしょうか。
夫は本当にあなたが不貞した人の妻にお金を支払ったのでしょうか。
あなたがその不貞を終えた後に夫と付き合い始めたということですが，不貞相手の妻は，なぜあなたにではなく夫（交際相手）に請求してきたのか，どうやってあなたの交際相手を知ったのか，という点が疑問です。
仮に，夫が言うとおり，あなたの代わりに夫が慰謝料を支払っていたとしても，もう１０年以上前のことですよね。あなたに頼まれていないのに勝手にやったことではありますが，一応，夫の弁済によってあなたは利益を得ているので，夫からあなたに対して，支払った分を返せといえることになりますが，その請求権は１０年で時効消滅すると考えられます。

②については，仮に，夫の親が１００万円出したのが本当だとしても，そのお金は，不動産購入に充てたんですよね。そうだとすれば，すでにそのお金は，１００万円という現金ではなく，不動産という形に代わってしまっているので，１００万円をそのまま返還する必要はありません。
仮に，現在の不動産が購入時の半分の価値しかないなら，１００万円についても半分の５０万円を夫の特有財産部分として考えればよいです。

学資保険（正確には，財産分与の範囲確定の基準時＝通常は別居時における学資保険の解約返戻金）は，財産分与の対象とするのが一般的です。
財産分与は，夫婦が協力して得た財産を対象とします。学資保険の保険料は，夫婦が得た収入から支払われるのが通常ですので，学資保険もまた夫婦が協力して得た財産となるわけです。

学資保険を継続したいのであれば，財産分与の対象としたうえで，分与を受け，保険料の支払者をあなたに変更して，あなたが保険料を支払う，というのが一番素直な方法だと思います。
仮に，夫に保険料の支払いを継続させる場合は，その保険料分，月々の養育費から引かれることになると思われます。

夫の父が支出した1000万円を，夫に対する贈与と考えると，その1000万円は現金・預金としては「もうない」ですが，当該金員は土地購入に充てたわけですから，自宅の敷地として残存していると考えられます。
そのため，敷地部分は，夫の特有財産と考えられるのではないでしょうか。

自宅土地建物を売却した場合，売却代金から残ローンを控除した残金につき，土地と建物の価格を比較して，土地の価格に相当する部分は夫の特有財産と評価できるのではないかと思います。
逆に言えば，夫の特有財産として返還すべきは上記に尽きるのであって，1000万円を返還する必要はないということです。

結論から申し上げますと，財産分与の対象にはなりません。
財産分与の対象財産の基準日は，別居開始日です。
要は，別居開始日に存在した財産が，財産分与の対象になるということです。
あなたがおっしゃっているのは，別居後に夫からもらった婚姻費用とのことですから，当然，財産分与の対象ではないです。

退職金については，たしかにおっしゃるように「確実に受け取れるかは分からない」ものではあるのですが，現在の実務では，財産分与の対象としたうえで，勤務先に「別居時点で退職した場合」の退職金の計算書を出してもらう，というやり方をするのが一般的なように思います。別居をしていない場合は，離婚予定時期などを基準時とすればよいと思います。

養育費については，月々の額についてはいわゆる算定表をベースに合意ができればよいと思います。
終期をどことするかですが，一般には，満２０歳に達する月になります。
大学卒業まで，とか，２２歳に達する年の次の３月まで，とか変化させることもあります。
あとは，大学進学などの「特別の費用」が生じた際の負担についての取り決めをすることでしょう。

預金から引き出したのがどれくらい前か分かりませんが，その銀行に対し，引き出した時期を特定したうえでＡＴＭの防犯カメラの映像を見せてほしい，と依頼することはできませんか？

全ての銀行が上記の依頼を受けてくれるかどうかは分かりませんが，やってみる価値はあるのではないでしょうか。ただし，銀行によっては，弁護士を通じてではないと出せないというかもしれませんし，そもそも応じないかもしれません。

防犯カメラ映像が取得できたのであれば，窃盗の証拠になるので，改めて警察に行くなり，不法行為に基づく損害賠償請求をするために弁護士に相談に行くなりできるのではないでしょうか。