退職金も財産分与の対象となるので，財産分与を検討する際に退職金を除外することはできません。

もっとも，退職金を含めた全財産の分与を検討したうえで，奥様に一定額を支払分ければならないとなった場合に，現時点で分与額を支払うのが困難であれば，長期の分割払いとするか，(奥様の同意が前提となりますが)退職金を受給した時点で一時払いとする，ということもあり得ると思います。

財産分与の際に，ご自宅をどう考えるのか，ということですね。

ご自宅はお兄様の名義なので，ご自宅そのものが財産分与の対象となるわけではありませんが，奥様から「兄に支払ったローン相当額が夫婦共有財産に該当するから，支払金が財産分与の対象である。」と主張される可能性はあると思われます。

これに対しては，この家に居住しなければ，他の賃貸マンションを借りるなどして「住居費」の負担が生じていたと考えられるため，お兄様に支払ったお金の一部は，生活するうえで当然に生じていた「住居費」として費消され，残存していないと考えられると思います。
支払ったお金に「住居費」として費消されない部分が残ったとしても，その金額が全て財産分与の対象となると考えるのは相当ではなく，新築時のご自宅の評価額と現在の評価額とを比較して，減額した割合に応じてお兄様に支払った金額を減じて計算するべきだと思います。

説明が分かりにくければ，個別にご質問ください。

「私の財産が管財人に取られてしまう」という発言からは，⑴形式的にはあなたの財産でも，実質的には夫の財産だから，破産管財人から取戻請求を受ける，ということと，⑵破産管財人から財産分与請求を受ける，の2つのパターンが考えられるように思います。

⑴は，夫が財産隠しのためにあなたの名義にしていた場合です。
⑵は，夫のあなたに対する財産分与請求権を破産管財人が行使できるのか，という問題があります。
そもそも，破産手続開始前に離婚が成立していない以上，破産管財人が財産分与請求権を行使することは考え難いと考えられる一方で，権利行使可能とも考えられるので，確実にこうだ，ということは言えません。

次に，「互いの財産は請求しないとの合意書」というのは，相互に財産分与を求めない，という内容でしょうか。
その合意が有効だとして，破産管財人がその合意に束縛されるのかは合意成立の時期などによっても異なるように思います。

最後に，破産手続終了後の離婚の場合，通常の離婚と同様，財産分与の請求があれば，分与が行われることになります。

退職金については，たしかにおっしゃるように「確実に受け取れるかは分からない」ものではあるのですが，現在の実務では，財産分与の対象としたうえで，勤務先に「別居時点で退職した場合」の退職金の計算書を出してもらう，というやり方をするのが一般的なように思います。別居をしていない場合は，離婚予定時期などを基準時とすればよいと思います。

養育費については，月々の額についてはいわゆる算定表をベースに合意ができればよいと思います。
終期をどことするかですが，一般には，満２０歳に達する月になります。
大学卒業まで，とか，２２歳に達する年の次の３月まで，とか変化させることもあります。
あとは，大学進学などの「特別の費用」が生じた際の負担についての取り決めをすることでしょう。

回答します。
１　支払終期については，満20歳が原則ですが，大学又は専門学校に進学した場合はその卒業まで支払時期を延ばすというやり方があり得ます。逆に，高校卒業後に就職したら，18歳になった年度の3月で支払終了とするのがバランスがいいと思います。
２　再婚した場合の養育費については，あなたが（親権者，監護者であることを前提として）再婚しても，直ちに夫の扶養義務がなくなるわけではありません。あなたの新しい夫となる人がお子さんたちと養子縁組したかどうかで扱いが異なるでしょうね。
３　養老保険は，誰の名義の保険が不明なため，回答できません。
４　習い事費用については，毎月の養育費とは別にもらうということが考えられますが，習い事の必要性，相当性，お子さんの意欲などにもよるのではないでしょうか。
５　歯科矯正については，これも必要性等が関係しますが，その費用は折半か，所得に応じて按分負担ということが考えられるでしょう。

夫の父が支出した1000万円を，夫に対する贈与と考えると，その1000万円は現金・預金としては「もうない」ですが，当該金員は土地購入に充てたわけですから，自宅の敷地として残存していると考えられます。
そのため，敷地部分は，夫の特有財産と考えられるのではないでしょうか。

自宅土地建物を売却した場合，売却代金から残ローンを控除した残金につき，土地と建物の価格を比較して，土地の価格に相当する部分は夫の特有財産と評価できるのではないかと思います。
逆に言えば，夫の特有財産として返還すべきは上記に尽きるのであって，1000万円を返還する必要はないということです。

結論から申し上げますと，財産分与の対象にはなりません。
財産分与の対象財産の基準日は，別居開始日です。
要は，別居開始日に存在した財産が，財産分与の対象になるということです。
あなたがおっしゃっているのは，別居後に夫からもらった婚姻費用とのことですから，当然，財産分与の対象ではないです。