１　奥様の転居費用
　　奥様が自宅を退去した理由にもよるとは思いますが，基本的には，折半ないし双方の収入割合に基づく負担ということになるのではないでしょうか。
２　家具
　　これは，お二人が同居するにあたり購入した家具の「購入代金」ということでしょうか。
　　その家具を何年使用したかにもよると思いますが，すでに「中古」の家具となるので，新品の購入代金を請求されるのは相当ではないでしょう。リサイクルショップなどへの売却代金相当額を支払えば十分ではないでしょうか。
３　養育費
　　双方の合意により，養育費額を決めるのが原則です。
　　合意に至らない場合は，双方の収入に照らし，相当額を算定します。
　　養育費は，離婚後，具体的に請求されてから支払義務が生じるので，離婚前に請求されても支払う必要はありません。「婚姻費用」であれば，支払義務はあります。
　　気になったのですが，あなたの連れ後である娘さんと奥様とは養子縁組をしているのでしょうか。
　　仮に，養子縁組をしており，離婚に際し，離縁しない場合は，奥様はあなたに対し，娘さんについての養育費を支払う義務を負います。

養育費を定める際に，現時点では出生していない夫と不貞相手との間の子のことは考慮しなくてよいと思います。
あなたと夫との間のお子さんにつき，現在の状況をもとに養育費を定めておいて，今後，夫が再婚なり認知なりして不貞相手との間の子に対して扶養義務を負うこととなったときに，夫の方から養育費減額を申し出ればよいのではないでしょうか。

公正証書で養育費について定める場合，支払いのお期についても定めます。公正証書作成時には，必ず，公証人による読み聞かせと，記載内容を確認する作業がありますので，その際に『養育費はちゃんと20歳までとなって』いるかの確認はできます。
また，公正証書の内容に不安を感じたときは，作成前か作成時に，公証人の先生に確認してみてください。

親権の争いとなった場合，同居中の主たる子の監護者が誰だったか，現在の監護状況はどうか，お子さんが10歳以上の場合お子さんの意思はどうか，といった観点から検討されます。

これまで，あなたが主にお子さんの面倒を見てきたというのであれば，別居に際し，あなたがお子さんを連れて行って，母子楽しく生活できるのであれば，親権を取れる可能性は高いのではないかと思います。

夫と別居したい，離婚したいというお気持ちは理解できるのですが，別居した後の生活，主に経済面についてどれくらい具体的に検討しているかが重要ではないかと思います。別居に踏み切るのであれば，その前に，具体的にどのような収入を得て，どの程度の支出が生じるのか，シミュレーションしておくべきだと思います。

あなた自身が元夫の住所を調べて，請求書を出すということもできなくはないでしょうが，現実的には，弁護士に，元夫に対して未払養育費の支払いを請求することを依頼して，現在の元夫の住所を調べてもらって，過去１０年分遡って請求する，というのがよいでしょう。

もっとも，お子さん２人に対し月額１万円の養育費すら支払わない男が，たとえ弁護士から請求があったとしても素直に支払うとは思えません。裁判をしても，回収できるかどうかは不明です。
勤務先を調べられたとしても，元夫が勤務先をやめてしまえば給与差押えも空振りになります。

要は，弁護士に依頼して請求したとしても費用倒れになる可能性があるということです。
それでもどうしても支払わせたいというのであれば，弁護士に依頼することをお勧めします。

そもそも，いったん合意した養育費額は，その後に減額の合意等がない限り，当初の合意に基づく支払いの義務があると考えます。
現在の夫と娘さんが養子縁組をしたこと，元夫が再婚相手との間に子が出生したことは，元夫の支払うべき養育費額に影響を与える事実ではありますが，法的にそうであることと，当事者間で取り決めをした内容はイコールでなくてもよいわけで，当初の合意がそのまま効力を持ちます。

現在，「公正証書で取り交わした月々の養育費よりもかなり減額した額で支払ってもらって」いるとのことで，あなたと元夫との間で，月々の養育費については事実上又は黙示の減額の合意がされていると考えることはできますが（そこも争う余地はあるかもしれません），一時金については，特に減額または支払わない旨の合意はされていないのではないでしょうか。
そうであれば，少なくとも一時金については，支払いを求めてもよいと思います。

・慰謝料
　お話をうかがっている限りは，婚約関係にあるといえます。また，相手の男性から，婚約を不当に破棄された，ということも認められると思われます。婚約の不当破棄であれば，慰謝料請求が可能です。
　一般的には，婚約の不当破棄に関する慰謝料額は，数十万円から１００万円程度ですが，妊娠されている場合は，１００～２００万円程度となることもあります。嫌な話ですが，婚約破棄を悲観して堕胎した場合は，訴訟上の和解で１５０万円程度となったことがありました。
　慰謝料請求については，内容証明郵便による請求⇒交渉がうまくいかない場合は訴訟提起，という流れが多いです。
　当事務所では，弁護士名による内容証明郵便の作成から訴訟まで関わることができます。
　費用については，内容証明郵便による請求時に着手金１１万円，さらに訴訟に進んだ場合は，追加着手金として１１万から１６万円程度が掛かります。
・養育費
　お子さんが出生した後の請求になりますが，前提として，認知が必要です。
　母親は，出産によって当然に親となりますが，婚姻関係にない限り，父親は，認知によってはじめて法律上の父となります。
　認知は，出生後に可能なほか，胎児認知も可能です。
　認知をすれば，法律上の父として子に対し扶養義務が生じるため，養育費の請求が可能です。
　双方の合意があれば，養育費の金額はいくらでも構いませんが，争いがある場合は，一般的に，家庭裁判所で用いる算定表をベースに，双方の収入に照らし合わせて適正額を決めていくことになります。
　相手の男性の「無職，軽いうつ病」は影響するか，ということですが，上記のとおり，養育費額に争いがある場合，双方の収入に照らし合わせることになるため，影響はある，ということになります。
　相手の男性が現在無職であっても，働く意思と能力自体が認められれば，養育費が０となることはないと思われます。
　養育費を協議で定められない場合は，家庭裁判所に調停を申し立てることになります。
　調停は，ご自身で申立てることが可能なほか，弁護士を代理人として申立ててもらうこともできます。
　費用面については，あなたの資力，収入次第で法テラスの利用も可能かもしれません。

ご質問については，上記のとおりの回答となります。

扶養義務は，⑴生活保持義務と⑵生活扶助義務に分けられます。
⑴は，自分と同程度の生活を対象に保証するという義務，⑵は，自分が経済的に余裕があれば，必要な分だけ対象に保証するという義務であり，内容が違います。
では，⑴と⑵をどういう基準で分けるのか，についてですが，夫婦間と，未成熟な子に対しては，⑴になります。
未成年ではなく，未成熟，というのは，経済的独立ができない子という意味ですが，一般的には，成年に達し，かつ，大学などの教育機関にも通っていない子は，未成熟とは言わないです。
障害がある場合は，障害の程度，内容，その子の生活ぶりによります。

対象のお子さんは，２１歳で，軽度の障害があるが，障害者雇用で勤務しているとのことですので，未成熟とはいえないのかなと思います。ただ，障害者雇用なので，給与額は低いだろうと想像できます。

以上のことから，あなたが対象の子に対して扶養義務を負うとしても，⑵の生活扶助義務ではないか，と考えてもよいように思います。
そうすると，問題となるのは，あなたの経済状況と，対象の子が月々いくらの扶助を必要としているか，ということでしょう。

そのため，調停においては，ご自身の世帯の収入と支出を明らかにして，経済的余裕がないことを主張しつつ，対象の子の生活状況を尋ねるべきでしょう。

また，仮に，扶養料を支払うことになった場合の期間ですが，対象の子の状況が変化することがあり得るので，何年後かに見直すことを前提に，５年といった一定期間の扶養義務とする解決となるように思います。