「調停離婚」のためには，まず，家庭裁判所に調停申立書を提出する必要があります。
親権，養育費，財産分与をご希望ということですので，調停申立書にその旨を記載します。
なお，調停が成立した場合，家庭裁判所が「調停調書」という書面を作成しますので，別途，公正証書を作成する必要はありません。調停調書は，いわゆる裁判の判決と同一の効力がある強力な書類です。

調停申立てには，戸籍全部事項証明書が必要になるため，取得しておくことをお勧めします。

調停申立てや調停手続での主張や発言に自信が持てない場合は，弁護士を代理人とすることも一つの考えです。

１　慰謝料
　　可能ですが，夫が争って，裁判などになった場合，裁判所が認定する金額は，あなたが想定している金額より低くなるかもしれません。
２　１千万円の返還の必要
　　自宅購入の際，夫の両親から資金援助を受けている点については，財産分与において考慮すべきことであり，夫に対して「返す」必要はないです。
旅行に連れて行ってもらった点についても返還の必要はないです。夫の給与は，あなたが家事育児等で協力していたからこそ得られたと考えられます。夫の給与から旅行費用を支払ったとしても，そもそも夫の給与は，夫婦が協力して得たものであるので，あなたが後ろめたさを感じる必要はありませんし，返還の必要もありません。
３　公正証書作成
　　公正証書の作成は，夫とあなたが事前に公正証書にする内容を合意しておく必要があり，２人で公証役場に赴いて署名押印をする必要があります。要は，夫の協力が不可欠となります。お話をうかがっている限り，なかなか夫の協力を得るのは難しいようにも思われますが，いかがでしょうか。
４　親権の獲得
　　あなたがお子さんたちの育児を主に担当しており，その育児に特段の問題がなければ，親権の争いになったとしても，あなたの方が有利な立場にあると考えられます。
５　適切な財産分与
　　お互いに財産を開示するところから始めることになります。

お子さんがいないのであれば，おっしゃるとおり，収入が高い奥様があなたに婚姻費用分担を求めても意味はないです。
さらに言うと，奥様が不貞をした挙句家を出て行って婚姻費用分担を求めてきたのだとすれば，そもそも婚姻費用の請求自体が認められないです。信義誠実の原則に違反するから，というのがその理由ですが，平たく言えば，一般的に見てそのような請求は認めるに値しない，ということです（お子さんがいれば，お子さんの分の費用は認められます）。

そのため，お二人の間にお子さんがいない場合は，奥様が何を求めているのか，私にも分かりません。住宅ローンの支払いのことでの話し合い，ということなのかもしれませんが。
すでに調停を申し立てられているということなので，出席してみて奥様の要望を聞いてみてはいかがでしょうか。

モラハラ夫に長年苦労されていたのですね。大変でしたね。
夫があなたの家に来て迷惑しているのでしたら，ドアを開けず，玄関ドア越しに「帰ってほしい。」と告げ，それでも退去しなかったら警察に通報してください。

ご実家には，ずっといられるのでしょうか。
そうであれば，一つの方法として，弁護士に依頼し，弁護士から夫に通知を出して，これからは当該弁護士が窓口になること，あなたとお子さんには直接連絡，接触しないでいただきたい旨を伝えて牽制する，ということが考えられます。
その上で，弁護士を通じた離婚条件の調整，調整がつかないようなら離婚調停，といった流れになるかと思います。

家庭裁判所で行うのは，「相談」ではなく，「調停」という，「調停委員」という立場の第三者を交えた「話合いの手続」です。

夫は不貞していて，離婚を求めているということですが，あなたも離婚には同意しているのでしょうか？
仮にあなたが離婚したくないとお考えなら，離婚したくないと主張すべきだと思います。その際は，夫の不貞の証拠を収集しておくことをお勧めします。

他方，双方が離婚することに合意していて，その条件が問題になるのであれば，夫との話し合いがうまくいかない，又は，話し合いが難しそうであれば，家庭裁判所の離婚調停を利用するのがよいと思います。

うつ病になったこと自体が原因で離婚調停において不利になることはないと思われます。

「児童虐待」という記載があるので，お子さんがいらっしゃるのだと思いますが，例えば，あなたのもとにお子さんがいて，夫が親権，監護権を主張してきた場合に，「妻はうつ病だから，子の監護が十分にできない。」と主張されることはあり得ると思います。
しかし，仮に，そのような主張がなされても，現にあなたがお子さんを監護して，お子さんが特に問題なく育っているのであれば，親権，監護権の点においても，うつ病それ自体が原因で不利になることはないです。

むしろ，「夫が原因でうつ，不眠症になった。」と言えるのであれば，あなたにとって有利に働くと思われます。医師に診断書を作成してもらった方がよいのではないでしょうか。

妻が，不貞行為をした挙句自宅を出て行ったにもかかわらず，今度，あなたに対して離婚訴訟を提起する予定ということでよろしかったでしょうか。
「妻から離婚裁判に対して私は何をすればよいか」ということですが，妻が離婚訴訟を提起した後，家庭裁判所からあなたに対して訴状一式と呼出状が送達されますので，受領して，答弁書を作成し，家庭裁判所に提出してください。
何も対応しない，というのはおすすめしません。
答弁書の作成方法や訴訟における対応等は，ご相談いただければ対応は可能です。