こんにちは。
回答させていただきます。

一般的に、離婚調停は、半年から1年半程度、長い事件ですと、2年近くかかるものもありますが、成立の見込みがある場合には、長期化する傾向にあります。なお、調停でまとまらなければ、不成立となり終了し、必要であれば、裁判が必要であれば訴訟提起や他の手段などによることがほとんどです。

実際のところ、3年は長すぎるとも指摘できるのではないでしょうか。

調停中であれ、夫婦であることには変わりないので、既婚者との交際は、不定行為ですので、妻から不貞行為による慰謝料請求されるおそれはあります。その際、本当に夫婦関係が破綻していたのかを証明するなどで、減額する可能性はあります。

ご参考までに。

住宅ローンがあるのであれば不動産があると思います。その評価額やローンの残高、そのほかの資産や負債などを勘案する必要があります。また離婚が実現するとした場合の将来的な生活設計（どこでどうやって生活していくのかなど）は現実的な課題として検討する必要があります。そのあたりの検討の結果として離婚を選択するのであればあとは方法論になってくるかと思います。

お孫さんたちのことが心配なお気持ちはよくわかります。ただ、奥さんが出て行ったということは、何らかの事情があるはずです（例えばDVとか、どちらかの不倫とか）。警察が捜索願の不受理届を受け付けているということは、それを受け付ける理由に該当すること（何でも受け付けることは通常しません。）を彼女が警察官に事細かに話しているはずです。何らかの手掛かりがあれば行方を突き止めることができる可能性もありますが、大事なのは息子さんの意思（離婚したいのかどうなのか）なので、離婚したくないのであれば、そっとしておくしかないようにも思えます。

不貞行為について法的に請求できる権利としては、金銭的な請求にとどまり、異動や退職を法的に請求することはできません。
また、不貞行為を会社に報告するぞと脅すことは、脅迫罪にあたる可能性や、実際に不貞行為を会社に報告する（第三者に不貞行為があったことを広める）ことは、名誉毀損罪にあたる可能性があります。
したがって、不貞行為を会社へ報告することに関しては、毅然と対応するべきです。

過去に水商売をしていたからといって直ちに親権を取られるということはありません。
親権判断においては基本的には子の面倒を誰が見ているかという要素が重視されますが、特に小さい子供の場合は母性優位の原則といって母親が親権者として相当だということも一般論として言われます。
親権を確実に確保するためにどのような進め方をするべきか、まずは弁護士に相談することを進めます。
なお、余談ですが、例えば現在進行系で母親が浮気をしているような場合でも、裁判所は浮気の事実については親権判断においてそれほど重視しないと言われています。

不貞など法律上の離婚原因、又は３～５年以上の別居が無ければ、離婚に応じなければ離婚されないと思います。

妻の財産については、調停から審判に移行すれば、調査嘱託で調べることが可能になります。

１　家計から返済した夫の借金
　　夫の生命保険の解約返戻金で夫名義の債務を返済したため，財産分与において当該返済をどのように考えるべきか，ということですね。
　　夫の借入金債務が，どのような理由に基づくものかにより評価が異なるように思います。
　　夫が，家庭の維持と全く関係ない理由（ギャンブル，リスクが高い投資など）で借り入れたのだとすれば，財産分与においてその債務を考慮するべきではないことになり，債務の返済に充てた解約返戻金は，「あったはずの財産」として財産分与の対象とすべきだ，という主張は可能なように思います。
　　これに対し，夫が生活費の補てんとして借入れたのだとすれば，上記の主張は難しいでしょう。
２　おばあさまの減収
　　建前から言えば，全く考慮されることはないでしょう。
　　養育費というのは，未成熟の子に対して扶養義務（生活保持義務）を負う父母が，離婚後にその義務をどのように分担するかという問題であり，生活保持義務より弱い扶養義務（生活扶助義務）しか負わず，かつ，副次的な扶養義務しか負担しない祖母は，養育費算定において考慮すべき対象ではないからです。
　　そのため，おばあさまの減収というあなたたちの生活に対する「事実上の影響」を主張し，算定表以上の養育費を求めること自体は構わないのですが，それが認められるかどうかは夫次第です。
３　３月は生活費を交付されていない，ということですので，同居中と言えど，夫は妻子に対する扶養義務を果たしていないことになります。そこで，早急に婚姻費用分担調停を申し立てることをお勧めします。