お子さんの年齢，あなたがしているお子さんの世話の内容（仕事がある日，ない日それぞれ），夫の育児へのかかわり方・程度によって，あなたか夫のいずれが親権者とすべきかの判断が分かれるように思います。

仮にあなたが親権者，監護者になれるとして，次に検討すべきは，離婚または別居した後のあなたとお子さんたちの生活をどのようにしていくか（あなたの収入は増やせるのか，実家に戻れるのか，戻れないとしたらどこに住むのか，生活費は足りるのかといったこと）ではないかと思います。

離婚または別居するのであれば，親権・監護権の問題はもちろん重要ですが，その後の生活のことまでしっかり考えてからにした方がよいと思います。

相談された弁護士の意見は，どれも相当と思われます。
「以前より無条件に母親が強いわけではなくなった」のも「裁判所は結局は母親という固定観念が未だにすごい強固」なのも実情に沿うものです。
なぜ各弁護士の意見がバラバラになるかといえば，事件を担当する裁判官それぞれの価値観がバラバラだから，ということではないかと思います。

身も蓋もない話ですが，ギリギリの事案になると，担当する裁判官により結論が変わり得るというのが私個人の感覚です。大半の事案は，どの裁判官が判断しても同じ結論になると思いますが。

さて，あなたのケースで問題となるのは，⑴主たる監護者といえるのか，という点と，⑵妻の抵抗を受けずに子を連れて別居可能か，ということではないかと思いました。「明らかな負け戦」とは思いませんが，少なくとも有利とはいえない状況だと思います。

⑴については，「育児はとても積極的にしていた」ということをどのように立証するかがポイントでしょう。
夫婦それぞれの仕事内容や家にいる時間の長短，１日のスケジュール，具体的にどのような育児をしてきたか，それを証明する資料があるか，母子健康手帳やこども園との連絡ノートは誰が記入していたか，配偶者の看護に問題はなかったか，ということを検討すべきでしょう。

⑵については，妻の同意なく子を連れて別居に踏み切った場合，妻から監護者指定，引渡しを求められることになるというのは，相談した弁護士が指摘するとおりです。そしてその場合，やはり「主たる監護者」がどちらだったかも争点となりますが，仮に，妻だと認定された場合は，子の連れ去り方法の「手段が不相当」との判断により，妻の主張が認められると思われます。そのため，子を連れて別居するのであれば，妻の抵抗を受けない方法が望ましいです。実際のところは難しいですが。

頑張ってください。

父母いずれを親権者とすべきかについては，お子さんの監護(身の回りの世話や食事等)を，あなたと夫のどちらが主に行ってきたか，というのが重要な基準になります。
例えば，夫は働いていて，あなたは主婦としてほぼ一日中，下のお子さんの世話をしていた，というのであれば，「主な監護者」はあなたということになります。

そうすると次に，あなたの監護が「適切」だったか，という点が問題となります。
下のお子さんが，他の子と比べて特段身体，精神，知能の成長に特段の遅れが見られず，清潔な身なりをしていれば，監護が不適切だと言われることはないでしょう。

上記２つの基準により，あなたが「主な監護者」であり，その監護が適切だったと言えるのであれば，今の時点であなたは親権の争いにおいてかなり有利な状況にあると考えられます。

では，夫が述べている「上の子が下の子と離れたくないと言ったらその意見が強くなる」「俺は一人育ててきた実績がある」という点はどうかというと，あまり気にしなくてよいと思います。
上の子がどのような発言をしても，あまり影響がないというのと，たしかに親権，監護権の争いにおいて「兄弟不分離」が望ましいとは言われますが，それはそれほど重要な基準にはなりません。
また，夫が上の子を育ててきた実績があっても，それが，必ずしも「下の子」の親権の判断にとって重要なわけではないです。「下の子」にとって，父母どちらに育てられた方がよいか，という判断をすべきだからです。

今後については，仮に，夫と離婚の話となり，別居ということになった場合に，絶対に下のお子さんを手放さないことが重要です。あなたが家を出る形になったら，必ず下のお子さんを連れて出てください。夫が家を出ていく場合には，下のお子さんを連れていかれないようにしてください。

さしあたり現在言えるのは上記のとおりです。さらに具体的なご相談をご希望であれば，ご連絡ください。

・長女については，10年前に9歳だったということは，長女は19歳ということですね。本年4月1日以降，18歳は成年とされていますので，，19歳の子は親権には服さないということになるため，長女があなたとの交流を望むのであれば，元夫の意向に関わらず交流が可能です。
・二女については，まだ18歳未満ということであれば，面会交流を検討すべきことになります。もっとも，二女が12歳以上であれば，本人の意向が重視されるようになるため，二女があなたと交流することを望むかどうかが重要かと思います。仮に，二女があなたと交流することを望んでいるのに，元夫がそれを阻止するといった事態になれば，面会交流調停を申し立てる，といった対応が考えられます。

浮気まがいをした，ということと親権の問題は直接は関係していないので，そこはあまり気にしなくてよいです。

重要なのは，誰がお子さんの面倒を見てきたか，その育児等に問題はなかったか，お子さんの年齢などの事情であり，浮気まがいのことをしようが，お子さんにとって父母いずれが親権者として相当か，という観点から判断されます。

元夫が面会交流に応じないのであれば，まずは，面会交流調停を申し立てたらいかがでしょうか。
何故親権者変更が認められたかは分かりませんが，面会交流を行うことがお子さんの福祉に反する事情がないのであれば，面会交流は実施されるべきなので，しっかりと主張すべきだと思います。
調停を申し立てることに支障があるならば，弁護士に依頼し，代理人として元夫に面会交流を求める書面を送る，ということも考えられますが，交渉でうまくいかない場合，やはり調停または審判にせざるを得ないでしょう。

持病があることそれ自体が親権の判断において不利になるわけではないです。
親権の問題は，「その子にとって，父母いずれが親権者として相当か」という視点から考えられるべきものであり，持病があっても，子にとって親権者となるべき存在といえるならば，親権者となるでしょう。

具体的には，⑴これまで父母どちらが主に監護（食事などの世話全般）をしてきたか，⑵その監護に不適切な点はなかったか，⑶（別居した場合）現在の監護者は誰かという視点が重要です。
あなたが，上記の点をクリアできるなら，親権は大きな問題とはならないでしょう。

それよりも，半年前に，「皆に反対され離婚できなかった」という方が問題ではないでしょうか。
離婚するとして，夫と別居した後の生活はどうされるか検討されていますか。
離婚に反対されているとすれば，ご実家に戻ることも難しいように思うのですが，その場合，あなたの収入（＋養育費）で生活していけますか。
その点もクリアできるのであれば，お子さんを連れて別居に踏み切り，その後に，離婚調停を申し立てる，又は，書面で夫に離婚を求めるなどして離婚に進んで行くのがよいように思います。