夫は「別居していても自分の家」という感覚なのでしょうが，別居中である以上，居住権者の承諾なく侵入するのは問題です。仮に，ご自宅の所有名義又は賃貸借の契約者名義が夫であっても，優先されるべきは実際に居住している方の生活の平穏だと考えます。

そのため，夫に対し，「別居しているのだから，少なくとも同居を再開するまでは鍵を渡してほしい。家に来る用事があるなら，事前に連絡の上，私の承諾を得てから来て欲しい。」と伝えるべきでしょう。

それでも夫が言うことを聞かない場合，可能であれば，弁護士に依頼し，弁護士から注意してもらう，というのは有効な方法かと思います。
この点，警察に相談しても，まだ離婚していないことや暴力沙汰が生じていないことを理由にあまり親身に相談に乗らない可能性があります。