大変お困りだと思いますのでお答えします。
解決の突破口はあるかと思いますのでご無理なされないでくださいね。

粘り強く交渉していくのがよいのでしょうが、面会交流の調停も検討する方がよいと思います。

現実問題として、面会交流の内容を変更ないし実施自体を禁止するには、改めて面会交流調停ないし審判を申立てることになります。元夫の言動や行動に問題があり、面会交流の実施がお子さんの負担となっており子の福祉に反するような状況であれば、面会交流の実施の条件変更や時間の短縮の余地はあるかと思います。なお、面会交流条件の変更がなされるまでは、従前の取り決めが生きているため、従前の内容で面会交流を実施する必要がありますが、それがお子さんの福祉に反しているという状況があるのであれば、お子さんの福祉のため、再度条件が定められるまで面会交流を停止することもやむを得ないかと思います。

おそらく元妻と話し合いで解決することは困難でしょうから，家庭裁判所に面会交流調停を申し立てた方がよいと思います。
但し，厄介な問題は，元妻が再婚するということですね。
再婚相手がお子さんと養子縁組までするのか分かりませんが，少なくともお子さんと一緒に生活していくことになるでしょうから，「新しいお父さん」との関係を形成していかなければならない期間に「本当のお父さん」と頻繁に会うことがどのように影響するのか，という点は，調停においても問題になるように思います。

また，仮に，月に1回面会交流ができるようになったとしても，お子さんが，面会交流にいい顔をしないお母さんとの関係に苦しむことになるかもしれないですね。

いずれにしても，私は，家庭裁判所の調停手続の中で，調査官を交え，父子にとって一番良い交流方法を探っていくのが良いと思います。

一度，奥様の元夫を相手に，家庭裁判所に面会交流調停を申し立ててみてはいかがでしょうか。
これまでより具体的な面会交流の条件などを取り決め，禁止したい事なども条項に盛り込むためです。
家庭裁判所において，調停調書という形で取り決めた内容を書面化することに意味があります。

こちらから面会交流調停を申し立て、お子さんの意向、状況を裁判所調査官に調査してもらう等によって確認できる余地はあるかと思います。なお、面会交流ですが、お子さんの権利として原則実施すべきで、例外として「正当な理由」があれば実施すべきではないというのが裁判所の立場ではありますが、この場合の「正当な理由」とは、面会交流時の暴力や連れ去りの可能性、子の強い拒否等、面会交流の実施により子の福祉に著しい悪影響を与える場合を指します。そのような事情がない限りは、原則論に戻って実施すべきとなるかと思います。なお、夫を罪に問うことについては、お子さんへの虐待の事実があればそれを申告して暴行ないし傷害で罪に問う余地はありますが、証拠の問題や家庭内の事情である等の観点から、捜査機関側が真面に取り扱ってくれるかは微妙かと思います（児童相談所の介入はありえます）。寧ろ、今後の面会交流を実施するには、夫の協力も必要なので、あまり角は立てないほうが総合的に考えるとベターな選択ではないかと思います。ただ、お子さんと離縁すると、全くの第三者となってしまうので、夫の同意なき限り、面会交流は法的には実施できなくなります。なお、現時点において、学校側に対し、お子さんの様子を確認しても特段罪に問われることは無いかと思いますが、それを夫やお子さんが嫌がっているのであれば、控えた方が今後の面会交流の実施につながるのではと思います。

そのような内容の条項を父親側が受け入れるかどうかは未知数です。少し観点がずれますが、いわゆる「真実告知」はできるだけ早い年齢で行うのがよいと一般的には言われています。今後のお子さんに与える影響も考えなければなりません。

確かに面会交流が実施されなかったことに対する慰謝料請求は、不法行為に基づく損害賠償請求として認められることもあります。しかし、相手方の故意、過失の立証ができるかどうかの点で難しいこともあり、また、認められたとしても数10万円のことがほとんどなので、あまりお勧めはしません。むしろ、調停で面会交流について詳細に決めたのであれば、間接強制を申立てされる方がよいようにも思えます。