義父の行為は，セクハラともいえますし，迷惑行為等防止条例違反又は強制わいせつという犯罪行為ともいえるでしょう。

どういう対応をすべきか，については，あなたがどうしたいか，によるのではないでしょうか。
本気で嫌なのであれば，警察なりに相談すべきかもしれません。

義父とも同居しているのでしょうか。
同居していて，どうしても耐えられないなら，あなたと婚約者で家を出ていくのが最善かと思いますが，経済的な事情などの理由でそれが難しいなら，何か自衛の手段を取るべきでしょうね。

家庭裁判所に面会交流調停を申し立て，調停委員に間に入ってもらって，元夫との間で，面会交流の頻度，方法などについて見直すための話し合いをしてみたらいかがでしょうか。

また，あなたと元夫との間の連絡についても，面会交流のための事務連絡に限る，とした方がよいと思います。

離婚については，なるべく夫の不利になる事実の証拠を収集しておくべきです。
モラハラ発言の録音，あなたが暴力を受けたときの写真，壁に穴を開けたのであれば，その写真（誰が壁の穴を開けたのかは分からない証拠ですが）などです。

離婚にあたって，どこかに引っ越す必要がありますが，ご実家には戻れますか？実家に戻れるのであればよいのですが，それが無理だとなると，どこに引っ越すのか，どうやって生活していくのかはよく考えてから行動すべきでしょう。

借金については，あなた名義の借金ですよね。そうなると，返済が難しいのであれば，破産または任意整理を検討した方がいいかもしれません。

壁の穴は，そのマンションを借りたのが夫であれば夫が原状回復の責任を負うのでよいのですが，あなたが賃借人だとするとあなたに原状回復の責任があることになるので，その場合は夫に請求することになるでしょう。

１　養育費について
　　離婚した場合，養育費の金額は，婚姻費用の金額を下回ります。
　　夫の扶養義務の対象が，あなた＋未成熟のお子さん（婚姻費用）から，お子さんのみ（養育費）に変わるからです。
２　お子さんにかかる費用
　　調停において婚姻費用を定めていることから，通学定期代，給食費，諸経費を夫に請求することは難しいのではないかと思います。もちろん，月々の婚姻費用と別途請求することは構いませんが，争いになると認められない可能性が高いように思います。二女の学費（私学の授業料等）については，調停において「特別の費用」の定めがあるのであれば，仮に争いとなったとしても認められるように思います。
３　離婚
　　調停が不成立で終了したのが１年ほど前ということですね。早期に離婚したいのであれば，離婚訴訟を提起すべきでしょう。調停が終了したのが１年前というのを家裁がどう判断するかによりますが，もしかしたら，もう一度調停からやるよう言われるかもしれません。

財産分与で婚姻後形成した財産を半分請求することは可能です。もっとも，いつの時点の財産を分与の対象とするかについては，争われる可能性があるかもしれません。
「物は投げる，暴言吐かれて」いたのがいつか不明ですが，慰謝料請求は現実的には難しいように思います。

あなたの一番の希望は，夫の子に対する叱り方の改善などを話し合ったうえで婚姻生活を続けることで，それがかなわない場合に離婚することも視野に入れている，という感じでしょうか。

まず，「現状の解決策」についてです。
相談内容を読む限り，（ご指摘の通り）夫はモラハラ傾向にあり，話し合いを求めるあなたの言葉に耳を貸す可能性は低いように思われます。
そうかといって，いきなり弁護士などの第三者を代理人として間に入れても，夫の態度が余計に硬化する可能性が高いのではないでしょうか。
そこで，家庭裁判所において，「夫婦円満調整調停」を申し立て，中立公平な家庭裁判所において，調停委員という第三者を入れて，もう一度家族の在り方を話し合う，ということなら，まだ穏当かもしれません。
弁護士などを代理人とする場合と，調停を行う場合との違いは，前者はあなたの代理人であり，後者は中立公平な裁判所における手続ということです。
調停では，貴方と夫が直接話し合うのではなく，必ず，間に調停委員を入れて，調停委員に対してそれぞれ話をすることになります。調停の中で，夫に，子どもへの接し方や，貴方への言動等を見直してもらえるように話をしてみてはいかがでしょうか。

仮に，離婚の方向で検討される場合は，夫のモラハラ的言動や子どもへの行き過ぎた叱責を「録音」すること，夫の財産（預金，有価証券，車，ローンなど）を調査しておくことをお勧めします。

お子さんたちを連れて夫と別居し，夫から生活費（婚姻費用）をもらいつつ，離婚の協議を進めていく，というのが理想です。

もっとも，ご実家が遠いことに加え，「貯金をすべて使ってしまいました。」「別居する収入もなく」とのことなので，そもそも経済的に別居に踏み切れるのかが疑問です。

また，別居に踏み切り，転居先での生活を始めたとして，夫に婚姻費用の支払いを求めても，夫が支払を渋った場合，最終的に家庭裁判所が適切な金額の婚姻費用を定めたとしても，夫が直ちに支払うかどうかも不明です。
そうすると，給与差押えなどして実際に夫から回収できるまでの間，あなたが自らの収入のみで生活を保持していかなければなりません。

あなたが苦しんでいる現状は理解できるし，今すぐにでも夫と離れたいというお気持ちも分かるのですが，別居後の具体的な生活設計をしてからではないと危険ではないかと考えます。例えば，あなたの収入をもっと上げることは可能か，親族から援助を受けることは可能か，いくらあれば転居後暮らしていけるかなど，具体的にシミュレーションをした方がいいと思います。