大変お困りだと思いますので、おこたえいたします。
感情論もあるかと思いますので、色々とお辛いことだと思います。ご無理なされないでくださいね。

内容を一概に聞いていないので、分かりかねますが、婚姻期間が１７年となると清算的財産分与という請求ができる可能性が高いでしょう。
早めに弁護士さんに相談して交渉していくことが必要です。

離婚には、協議離婚、調停離婚、裁判離婚の３つがありますが、協議や調停での離婚は、要は話し合いなので理由を問いません。裁判での離婚は不貞行為や悪意の遺棄など理由が限られているため、離婚事由がない方が離婚をするために別居期間を長くして（3年から5年）離婚できるようにするのです。ただ、協議も調停も相手が話し合いに応じてくれなければいけませんから、相手がかたくなに拒んでいるような場合には、ダメな場合に備えて別居を続けることをお勧めしています。なお、裁判離婚は必ず調停をやってからしかできないことにはなっています。また、別居期間内には家庭内別居の期間も含まれるのですが、寝室や食事、家計なども別、ということをどうやって立証していくのかが実際には問題にはなります。

離婚条件に関して迷われているようですね。まず、離婚条件については、あくまで双方の合意によるものですが、以下の内容を考慮に入れてみてください。

1.財産分与：持ち家は夫婦共有財産ですので、名義が夫であっても分けることが可能です。ただし、住宅ローンと教育ローンが重なっている状況では、ローン返済後に残る金額での分割となります。また、夫が生活費を支払っていた事実は支配権放棄の証拠になりますので、持ち家の引き続きの使用は可能かと思われます。なお、名義の変更はローン完済後になります。

2.慰謝料：慰謝料は不倫による精神的苦痛の補償です。すでに他の女性から慰謝料をいただいているようですが、夫に対しても要求できます。その額は一概には決まらず、交渉次第となります。

3.養育費：息子さんが未成年であるため、養育費を請求できます。ただし、息子さんが大学に進学した場合は、進学費も含めて再考する必要があります。

4.負債の返済：夫婦共有の負債については、夫婦共に返済義務がありますが、離婚協議の中で夫に全額返済を請求することも可能です。ただし、返済能力等を考慮し合意に至れるかが重要です。

難しい状況ですが、自分の要望を優先させつつも、現実的な解決策を試みることが大切です。また、実際の手続き等については専門家と相談することをお勧めします。

１　離婚の可否
　　現状，奥様は，別居しているにもかかわらず，「離婚しない」とおっしゃっているようですので，協議離婚（離婚届を出す方法による離婚）は難しそうですね。
　　そうかといって，調停離婚も裁判離婚も，奥様が離婚しないと言っていることに加え，おそらく，奥様はあなたの「不貞」を持ち出し（不貞の証拠がどの程度あるかにもよりますが），責め立てることが予想されますので，やはり少なくとも当分の間は，離婚は難しそうです。
　「８月初旬妻から離婚届けを出された」ことを立証できれば反論可能かと思いますが‥。
２　慰藉料
　　奥様の手持ち証拠次第では，離婚するしないに関わらず，慰謝料請求はされる可能性があります。
３　住宅ローン
　　債務者があなたであれば，離婚後，あなたがご自宅に居住するしないに関わらず，あなたが負担し続けます。
　　奥様が自宅に住み続け，あなたが家を出る場合は，住宅ローンにつき，話し合いが必要でしょうね。
４　親権
　　双方が親権を主張した場合，お子さんの年齢，これまでの監護実績，お子さんの意向等によって変わります。
５　養育費
　　双方の収入に照らし算定されるのが通常です。

訴訟で離婚する場合はともかく（そもそも日本では調停を経てからしか訴訟はできません。）、離婚協議や離婚調停の段階ならば、調停は家庭裁判所で行うとはいえ、結局どちらも話し合いなので、離婚する理由については何でもよいのです。要するに、あなたが相手との婚姻生活を終わらせたいのかどうかなのです。まずそこを考えてみてください。相手と話し合いをして相手が態度を改善してくれるなら続けられるのか、もう無理なのか。あなたのような状況ならば、一般的には離婚を決意する方が多いとは思います。単身赴任生活を完全な別居生活にしてみるのも在りかもしれません。

相手に有利な条件で話が進みそうな不安があるのであれば、めらわずに弁護士に依頼するべきでしょう。
しかし弁護士に相談しても、やはり解決が難しいのは自宅の処理についてです。
不公平な形になることを避けるためには、不動産を売却するほかはないのですが、４０年ローンの内５年間しか返済をしていないとのことなので、売却してもローンを完済しきれないということになってしまいそうです（いわゆるオーバーローン）。
しかもその場合は一括返済をすることを求められるので、最悪、破産しなければならなくなってしまうかも知れません。
ですので、そのような事態を回避するためには、奥様のご提案を受け入れた方がよいという苦渋の決断を余儀なくされるかも知れません。
いずれにせよ、正式に依頼するか否かは別としても、一度は法律相談を受けてみるのがよろしいでしょう。

大変お困りだと思いますのでお答えします。
内容拝見しましたが、相当煩わしいですね。ご無理されないでくださいね。

・単身赴任であった為、相手に一緒に住むか聞いても住まないと返答
・単身赴任中であるが家には行っていない
・自分宛郵便物は勝手に開封し自分に送ってこない
・自分の荷物を送るように依頼しても送ってこない
・相手に離婚を数度申し出ても返答してこない
こちらからはきちんと伝えておりますが、相手は何が目的なのか応じてきません。

確かにも目的が何か不明ですし、半分いやがらせに近く、夫婦協力義務をはたしているとは思えないですね。
まず、手順としては、弁護士さんと一緒に進める、これも強く進めていって、相手を動かすようにやっていくしかないです。
このためには、その確立した手順と気持ちをしっかりともって協同してやっていくしかないので、離婚を専門とする弁護士さんに相談するのがおすすめです。