学資保険（正確には，財産分与の範囲確定の基準時＝通常は別居時における学資保険の解約返戻金）は，財産分与の対象とするのが一般的です。
財産分与は，夫婦が協力して得た財産を対象とします。学資保険の保険料は，夫婦が得た収入から支払われるのが通常ですので，学資保険もまた夫婦が協力して得た財産となるわけです。

学資保険を継続したいのであれば，財産分与の対象としたうえで，分与を受け，保険料の支払者をあなたに変更して，あなたが保険料を支払う，というのが一番素直な方法だと思います。
仮に，夫に保険料の支払いを継続させる場合は，その保険料分，月々の養育費から引かれることになると思われます。

夫の父が支出した1000万円を，夫に対する贈与と考えると，その1000万円は現金・預金としては「もうない」ですが，当該金員は土地購入に充てたわけですから，自宅の敷地として残存していると考えられます。
そのため，敷地部分は，夫の特有財産と考えられるのではないでしょうか。

自宅土地建物を売却した場合，売却代金から残ローンを控除した残金につき，土地と建物の価格を比較して，土地の価格に相当する部分は夫の特有財産と評価できるのではないかと思います。
逆に言えば，夫の特有財産として返還すべきは上記に尽きるのであって，1000万円を返還する必要はないということです。

「財産分与」については，家庭裁判所に財産分与についての判断を求めることができる期間は「離婚の時から２年」（民法７６８条２項）です。お二人の間で協議，合意して財産分与をする分には良いのですが，家庭裁判所に判断をゆだねることはすでにできないということになります。

しかし，質問内容によると，ご自宅が「元旦那と私の名義」ということなので，ご自宅の売却については，財産分与としてではなくとも，売却代金（残ローンがあればその支払後の残金）を共有持分割合に基づいて分割することは可能かと思います。もっとも，あなたの共有持分が少ない場合，２分の１より取り分が減ってしまいますが。

学資保険については，夫婦の収入から保険料が支払われるのが通常ですので，本来は，財産分与の対象財産ですが，（おそらく契約名義人である）元夫が「渡さない」と言っている以上，分割請求は難しいように思います。

離婚協議書の記載内容によります。
ご趣旨は，元妻に約束違反が認められた場合は，元妻があなたに対して金６００万円を支払う，ということだと思いますが，対象となる「約束」をどのように特定しているのか，どのような行為があれば約束違反と言えるか，といった点が気になりました。

また，６００万円を請求できたとして，その性質が財産分与なのかも気になるところです。

回答します。
１　支払終期については，満20歳が原則ですが，大学又は専門学校に進学した場合はその卒業まで支払時期を延ばすというやり方があり得ます。逆に，高校卒業後に就職したら，18歳になった年度の3月で支払終了とするのがバランスがいいと思います。
２　再婚した場合の養育費については，あなたが（親権者，監護者であることを前提として）再婚しても，直ちに夫の扶養義務がなくなるわけではありません。あなたの新しい夫となる人がお子さんたちと養子縁組したかどうかで扱いが異なるでしょうね。
３　養老保険は，誰の名義の保険が不明なため，回答できません。
４　習い事費用については，毎月の養育費とは別にもらうということが考えられますが，習い事の必要性，相当性，お子さんの意欲などにもよるのではないでしょうか。
５　歯科矯正については，これも必要性等が関係しますが，その費用は折半か，所得に応じて按分負担ということが考えられるでしょう。

質問１について
⑴　財産分与は，夫婦関係を解消する際の財産の清算なので，その対象は，原則として，婚姻後離婚まで（離婚前に別居している場合は別居時まで）に２人で築いた財産，ということになります。名義の如何は問いません。
　では，「前提条件」に記載のある，「婚姻前」に妻が購入した不動産の扱いはどうなるかというと，上記の原則からは財産分与の対象とはならないということになりますが，婚姻後，「夫婦が協力して」ローンを返済していたとみることが可能なので，実体としては，当該不動産の一定部分は財産分与の対象とすることができると思われます。
⑵　婚姻費用とは，夫婦が相互に負う扶養義務に基づくものであり，主に，別居している夫婦において，収入が高い方が低い方に支払う月々の生活費です。具体的な金額は，一般的には，双方の収入に照らして算定します。
⑶　妻→夫へ返す金額の考え方，というのは，どのことを指すのか不明なため，回答できません。
　　「返す」ということは，夫婦間で金銭を貸し借りした，ということでしょうか。
質問２について
　財産分与の対象となる共有財産は，上述したとおりであり，婚姻中（同居中）二人で築き上げた財産全般です。これに対し，一方が相続で得た財産などは，「二人で築いた財産」ではないため，財産分与の対象とはなりません。
　財産分与の方法ですが，基本的に，夫の（名義の）プラスの財産＋妻のプラスの財産－夫のマイナスの財産－妻のマイナスの財産を計算し，トータルがプラスとなった場合に，そのプラス分を２等分するよう双方の財産を調整する，ということになります。トータルがマイナスの場合は，分与すべきものがないので，財産分与はしない，ということになります。いずれかの名義の負債をふたりで分け合うことはしません。

退職金については，たしかにおっしゃるように「確実に受け取れるかは分からない」ものではあるのですが，現在の実務では，財産分与の対象としたうえで，勤務先に「別居時点で退職した場合」の退職金の計算書を出してもらう，というやり方をするのが一般的なように思います。別居をしていない場合は，離婚予定時期などを基準時とすればよいと思います。

養育費については，月々の額についてはいわゆる算定表をベースに合意ができればよいと思います。
終期をどことするかですが，一般には，満２０歳に達する月になります。
大学卒業まで，とか，２２歳に達する年の次の３月まで，とか変化させることもあります。
あとは，大学進学などの「特別の費用」が生じた際の負担についての取り決めをすることでしょう。