別居が３年継続しているのであれば，仮に，二度目の離婚調停が不成立になっても，その後の離婚訴訟で離婚が認容される可能性は高いと思われます。
ネックになるのは，おっしゃるとおり「お金がない」点でしょう。
離婚訴訟をご自身で行うことも不可能ではないですが，弁護士に依頼することをお勧めします。
その際の費用ですが，法テラスの利用は可能でしょうか。
法テラスの利用すら困難で，仮に親族の援助も受けられないとなると，弁護士への依頼は難しいかもしれません。

親権を取りたい，という点は，現在，お子さんを連れて別居しているのであれば，おそらく問題はないと思われます。もちろん，お子さんの健康状態，精神状態に特段の問題がないことは前提となります。

離婚するには何からしたらよいか，という点は，まずは，再度離婚調停を申し立てるところからではないでしょうか。
お金の面は，法テラスが利用できるなら法テラスを検討してください。

裁判期間については，夫が離婚を拒否する理由によります。離婚裁判においてどういう論点があるのか，双方が論点についてどこまで主張立証するのかによって，裁判期間が変わってきます。
費用は弁護士事務所によってまちまちです。日当や交通費が発生する事務所もあるでしょう。

夫の離婚したい理由は「日々の不満の積み重ね」であって，夫はあなたに何度も改善を求めてあなたもしばらくの間は改善したけれど，いつの間にか元に戻ることが繰り返された，ということですね。

そうすると，
・夫が何について不満を抱いていたのか
・なぜあなたの夫の不満に対する改善が続かなかったのか
が問題となると思いますが，その点，どのようにお考えでしょうか。

単に，離婚したくない，やり直したいだけでは，意を決して自宅を退去するなど離婚に向けた行動を起こしている夫を止めることはできないでしょう。
夫が不満の根源を失くさなければ，夫にとっては何も変わらないので，同居を再開する意味がありません。

夫とやり直したいのであれば，夫がどのような点に不満を訴えていたか，自分が改善できない理由はどこにあるのかを徹底的に見直して，改善してください。

なお，今の状態が何年も続けば，いくらあなたが離婚を希望しないと言ったところで，最終的には夫の離婚請求が認められることになります。
しっかり夫の不満と向き合ってください。