妻が，不貞行為をした挙句自宅を出て行ったにもかかわらず，今度，あなたに対して離婚訴訟を提起する予定ということでよろしかったでしょうか。
「妻から離婚裁判に対して私は何をすればよいか」ということですが，妻が離婚訴訟を提起した後，家庭裁判所からあなたに対して訴状一式と呼出状が送達されますので，受領して，答弁書を作成し，家庭裁判所に提出してください。
何も対応しない，というのはおすすめしません。
答弁書の作成方法や訴訟における対応等は，ご相談いただければ対応は可能です。

うつ病になったこと自体が原因で離婚調停において不利になることはないと思われます。

「児童虐待」という記載があるので，お子さんがいらっしゃるのだと思いますが，例えば，あなたのもとにお子さんがいて，夫が親権，監護権を主張してきた場合に，「妻はうつ病だから，子の監護が十分にできない。」と主張されることはあり得ると思います。
しかし，仮に，そのような主張がなされても，現にあなたがお子さんを監護して，お子さんが特に問題なく育っているのであれば，親権，監護権の点においても，うつ病それ自体が原因で不利になることはないです。

むしろ，「夫が原因でうつ，不眠症になった。」と言えるのであれば，あなたにとって有利に働くと思われます。医師に診断書を作成してもらった方がよいのではないでしょうか。

「調停離婚」のためには，まず，家庭裁判所に調停申立書を提出する必要があります。
親権，養育費，財産分与をご希望ということですので，調停申立書にその旨を記載します。
なお，調停が成立した場合，家庭裁判所が「調停調書」という書面を作成しますので，別途，公正証書を作成する必要はありません。調停調書は，いわゆる裁判の判決と同一の効力がある強力な書類です。

調停申立てには，戸籍全部事項証明書が必要になるため，取得しておくことをお勧めします。

調停申立てや調停手続での主張や発言に自信が持てない場合は，弁護士を代理人とすることも一つの考えです。

１　慰謝料
　　可能ですが，夫が争って，裁判などになった場合，裁判所が認定する金額は，あなたが想定している金額より低くなるかもしれません。
２　１千万円の返還の必要
　　自宅購入の際，夫の両親から資金援助を受けている点については，財産分与において考慮すべきことであり，夫に対して「返す」必要はないです。
旅行に連れて行ってもらった点についても返還の必要はないです。夫の給与は，あなたが家事育児等で協力していたからこそ得られたと考えられます。夫の給与から旅行費用を支払ったとしても，そもそも夫の給与は，夫婦が協力して得たものであるので，あなたが後ろめたさを感じる必要はありませんし，返還の必要もありません。
３　公正証書作成
　　公正証書の作成は，夫とあなたが事前に公正証書にする内容を合意しておく必要があり，２人で公証役場に赴いて署名押印をする必要があります。要は，夫の協力が不可欠となります。お話をうかがっている限り，なかなか夫の協力を得るのは難しいようにも思われますが，いかがでしょうか。
４　親権の獲得
　　あなたがお子さんたちの育児を主に担当しており，その育児に特段の問題がなければ，親権の争いになったとしても，あなたの方が有利な立場にあると考えられます。
５　適切な財産分与
　　お互いに財産を開示するところから始めることになります。

「夫と直接話し合わずに」離婚するとなると，⑴離婚調停を申し立てる(調停不成立の場合は離婚訴訟を提起)か，⑵代理人(弁護士)を立てて，書面で離婚を求める，⑶あなたご自身が何らかの方法で夫に離婚届を渡して，署名押印を求める，のいずれかの方法ではないかと思います。

親権については，これまで主にお子さんの世話をしていたのがあなたなのであれば，お子さんの年齢からしても，あなたが親権者に指定されることはほぼ間違いないと思われます(よほどその世話に問題があれば別ですが)。

現実的には，あなたがお子さんを連れて(必ずお子さんは連れていってください)ご実家に転居する形で別居してから離婚に向けて動くことになると思います。

慰謝料は，これまでの夫の暴言などについてどこまで証拠があるか，によりますが，それほどの金額にはならないと思った方がいいです。

一番の問題は，ご自宅でしょう。賃貸物件ということだと思いますが，あなたが家を出て夫がそこに住み続けた場合，夫が家賃を支払わなければ，対外的には，借主であるあなたが賃料を支払わなければならないからです。

お子さんがいないのであれば，おっしゃるとおり，収入が高い奥様があなたに婚姻費用分担を求めても意味はないです。
さらに言うと，奥様が不貞をした挙句家を出て行って婚姻費用分担を求めてきたのだとすれば，そもそも婚姻費用の請求自体が認められないです。信義誠実の原則に違反するから，というのがその理由ですが，平たく言えば，一般的に見てそのような請求は認めるに値しない，ということです（お子さんがいれば，お子さんの分の費用は認められます）。

そのため，お二人の間にお子さんがいない場合は，奥様が何を求めているのか，私にも分かりません。住宅ローンの支払いのことでの話し合い，ということなのかもしれませんが。
すでに調停を申し立てられているということなので，出席してみて奥様の要望を聞いてみてはいかがでしょうか。

うつ病＝働けないとは限らないので，働けないという診断書などが出されない限りは，夫の収入を０円と考える必要はないです。現に月に数日程度は出勤しているということですから，実際に給与はもらっているでしょうし，実情によってはそれ以上の給与を得ることができたと考えて，強気に攻め立ててもよいと思います。

婚姻費用の調停は不成立となれば審判手続に移行するので，最終的には裁判官が結論を出してくれます。
離婚の方も調停が不成立となれば訴訟を提起することができるので，養育費も訴訟において検討すべきこととなるでしょう。