夫の離婚したい理由は「日々の不満の積み重ね」であって，夫はあなたに何度も改善を求めてあなたもしばらくの間は改善したけれど，いつの間にか元に戻ることが繰り返された，ということですね。

そうすると，
・夫が何について不満を抱いていたのか
・なぜあなたの夫の不満に対する改善が続かなかったのか
が問題となると思いますが，その点，どのようにお考えでしょうか。

単に，離婚したくない，やり直したいだけでは，意を決して自宅を退去するなど離婚に向けた行動を起こしている夫を止めることはできないでしょう。
夫が不満の根源を失くさなければ，夫にとっては何も変わらないので，同居を再開する意味がありません。

夫とやり直したいのであれば，夫がどのような点に不満を訴えていたか，自分が改善できない理由はどこにあるのかを徹底的に見直して，改善してください。

なお，今の状態が何年も続けば，いくらあなたが離婚を希望しないと言ったところで，最終的には夫の離婚請求が認められることになります。
しっかり夫の不満と向き合ってください。

別居が３年継続しているのであれば，仮に，二度目の離婚調停が不成立になっても，その後の離婚訴訟で離婚が認容される可能性は高いと思われます。
ネックになるのは，おっしゃるとおり「お金がない」点でしょう。
離婚訴訟をご自身で行うことも不可能ではないですが，弁護士に依頼することをお勧めします。
その際の費用ですが，法テラスの利用は可能でしょうか。
法テラスの利用すら困難で，仮に親族の援助も受けられないとなると，弁護士への依頼は難しいかもしれません。

親権を取りたい，という点は，現在，お子さんを連れて別居しているのであれば，おそらく問題はないと思われます。もちろん，お子さんの健康状態，精神状態に特段の問題がないことは前提となります。

離婚するには何からしたらよいか，という点は，まずは，再度離婚調停を申し立てるところからではないでしょうか。
お金の面は，法テラスが利用できるなら法テラスを検討してください。

離婚訴訟で離婚に必要な別居期間は、最近は３年とするものが多いものの、実は裁判所によっては５年とする判決を出しているところもあるので、正確を期するために３年から５年と弁護士は回答しているのだと思います。ただ、判例を見てみると、別居期間だけではなく、他の事情（DVやモラハラ、ギャンブルなど金使いの荒さ、子らへの悪い態度などその他の事情）も相まっているものは３年がほとんどであると思います。また高齢者夫婦の場合には１，２年で離婚事由ありとしているものが出てきています。

住宅ローンについての抵当権が設定されている共有の不動産について、財産分与として持分の移転を命じてほしいとの請求が認められず、共有状態を継続させる内容の判決になることは散見されます。

というのは、マンションに対するご相談者様の持分が相手方に移転しても、住宅ローンの債務は、債権者（銀行等）の承諾がない限り移転しません。

また、マンションに対するご相談者様の持分が相手方に移転したとしても、債権者（銀行等）のご相談者様に対する住宅ローン債権を担保する抵当権は、マンションに付いたままとなります。

つまり、ご相談者様の持分を相手方に移転したとしても、ご相談者様は銀行に住宅ローン債務を負い続け、マンションには、銀行のご相談者様に対する住宅ローン債権を担保する抵当権が残ることになってしまいます。

ここで万一住宅ローンが滞納され、マンションが競売手続により売却された場合、相手方単独所有のマンションによりご相談者様の債務が弁済されたことになるため、相手方から、ご相談者様に対し求償請求（相手方が自らの財産によりご相談者様の債務を立替払したとして、その返還の請求）がなされ得ることになります。

このように、ご相談者の持分を相手方に移転してもお客様が債権者（銀行）との関係で住宅ローンの支払いを免れるわけではなく、かえって住宅ローンに関する処理が複雑になってしまうことから、住宅ローンについての抵当権が設定されている共有の不動産について、財産分与として持分の移転を命じてほしいと請求しても認めてもらえないことは間々あります。

共有状態の解消を希望される場合、判決に対する対応としては、
①判決に対し控訴したうえで、控訴審でマンションの処理について相手方と協議する。
②判決確定後、相手方とマンションの処理について協議する。
③協議（①又は／及び②）がまとまらない場合共有物分割訴訟を提起する
といった方法が考えられます。

①～③の対応により、
a.マンションに相手方が住み続ける代わりに相手方に持分を移転し、その代わり住宅ローンは相手方が支払うようにする（a-1.ご相談者様が債権者（銀行等）との関係で債務を免れるようにする、又は、a-2.ご相談者様は銀行との関係で債務を負い続けるが、相手方との関係では、相手方が住宅ローンを全額負担するものと取り決めておく）
　
b.マンションを売却して清算する

c.その他（一定の期間を経た後に売却清算することにする等）

の処理をすることとなります。

なお、a-1の処理を希望される場合（ご相談者様が債務を免れるようにする場合）、①～③の方法と並行して、債権者（銀行）と交渉し承諾を得る必要があります。

ご参考になれば幸いです。

９年前に夫への女性からのメール、家を飛び出し女性の部屋にいたということからも、不貞行為の事実があったと推認はできますので、本来的には、「有責配偶者からの離婚請求」として、夫からの離婚請求はハードルが高い事案とは言えます。ただし、夫が離婚訴訟の提起をする際には、おそらくあなたからのDVを理由にしているでしょうから、訴え提起だけはできたわけです。あなたが、離婚をしたくないというのであれば、訴訟の中で、彼の別居自体が不貞行為によるものであるので、彼の訴訟提起は「有責配偶者からの離婚請求」として、信義則上許されないものであることを主張していくことです。それには、彼の不貞行為の証拠を（当時の警察の記録、女性からのメールの写真、長女の証言など）集めて、積極的に裁判所に提出することです。彼の言うあなたの暴行を裏付ける証拠は、役所への支援措置の決定の書類でしょうから、それが虚偽であることを、こちらが立証しなければなりません。確かに彼の言うあなたの暴力が裏付けられなくとも、長い別居期間（通常なら３年から５年）はそれだけで、離婚を認める材料とはなります。しかし、彼の訴え提起が「有責配偶者からの離婚請求」とされれば、９年の別居期間だけで離婚判決が出ることはないと思います。

Winslaw法律事務所でございます。ご回答させていただきます。

離婚調停が不成立となって場合は、訴訟で離婚を求めることとなります。法定の離婚事由があるなら、離婚が認められる可能性は高いです。

他方、現時点で法定の離婚事由がないようであれば、時間を掛けて離婚に向けた手続きを進めていく必要があります。

交渉や裁判手続きについて弁護士をお探しでしたら、個別に当事務所までお問い合わせいただければ幸いです。

よろしくご検討ください。

お子さんは中学3年生ですから、十分自分の意思を表明できます。会いに行くのを止めることはないでしょう。
弁護士費用にお困りであれば、法テラスの民事法律扶助制度を利用されてみてはいかがでしょうか。民事法律扶助制度を利用できれば、一般的に依頼されるよりも費用が低額となりますし、費用の分割支払も可能となります。