自宅不動産が元夫とあなたの２人の共有名義であれば，双方に売却の意思がない限り，売却できないのが原則です。
また，ローンが残っている場合は，お金を貸している銀行の協力も必要になります(そもそも，売却代金がローン残額を下回る場合は，通常は売却できません)。
元夫は，現在自宅不動産に居住しているとのことですから，あなたが売却したいと言っても，承諾してくれる可能性は低いでしょう。そのため，家を売却したいということであれば，自宅の現在価値が残ローンを上回る場合に限りますが，夫に対し，共有物分割請求をしてみてはいかがでしょうか。

「保険とかも解約して」というのがよく分かりませんが，あなたの名義の保険であれば，解約は可能ですが，元夫のものであればできません。離婚して２年が経過しているということなので，家庭裁判所に財産分与を取り上げてもらうことはできないからです。

慰謝料については，慰謝料の発生原因にもよるし，どのような形で離婚したかにもよると思います。

退職金については，たしかにおっしゃるように「確実に受け取れるかは分からない」ものではあるのですが，現在の実務では，財産分与の対象としたうえで，勤務先に「別居時点で退職した場合」の退職金の計算書を出してもらう，というやり方をするのが一般的なように思います。別居をしていない場合は，離婚予定時期などを基準時とすればよいと思います。

養育費については，月々の額についてはいわゆる算定表をベースに合意ができればよいと思います。
終期をどことするかですが，一般には，満２０歳に達する月になります。
大学卒業まで，とか，２２歳に達する年の次の３月まで，とか変化させることもあります。
あとは，大学進学などの「特別の費用」が生じた際の負担についての取り決めをすることでしょう。

「主人が言っているお金」というのは，①夫があなたの代わりに支払った１２０万円の返金，②財産分与にあたって１００万円を夫に支払う，ということでしょうか。

仮に，そうだとすれば，いずれについても支払う必要はないように思います。

①については，そもそも真偽が疑わしいように思うのですがどうでしょうか。
夫は本当にあなたが不貞した人の妻にお金を支払ったのでしょうか。
あなたがその不貞を終えた後に夫と付き合い始めたということですが，不貞相手の妻は，なぜあなたにではなく夫（交際相手）に請求してきたのか，どうやってあなたの交際相手を知ったのか，という点が疑問です。
仮に，夫が言うとおり，あなたの代わりに夫が慰謝料を支払っていたとしても，もう１０年以上前のことですよね。あなたに頼まれていないのに勝手にやったことではありますが，一応，夫の弁済によってあなたは利益を得ているので，夫からあなたに対して，支払った分を返せといえることになりますが，その請求権は１０年で時効消滅すると考えられます。

②については，仮に，夫の親が１００万円出したのが本当だとしても，そのお金は，不動産購入に充てたんですよね。そうだとすれば，すでにそのお金は，１００万円という現金ではなく，不動産という形に代わってしまっているので，１００万円をそのまま返還する必要はありません。
仮に，現在の不動産が購入時の半分の価値しかないなら，１００万円についても半分の５０万円を夫の特有財産部分として考えればよいです。

預金から引き出したのがどれくらい前か分かりませんが，その銀行に対し，引き出した時期を特定したうえでＡＴＭの防犯カメラの映像を見せてほしい，と依頼することはできませんか？

全ての銀行が上記の依頼を受けてくれるかどうかは分かりませんが，やってみる価値はあるのではないでしょうか。ただし，銀行によっては，弁護士を通じてではないと出せないというかもしれませんし，そもそも応じないかもしれません。

防犯カメラ映像が取得できたのであれば，窃盗の証拠になるので，改めて警察に行くなり，不法行為に基づく損害賠償請求をするために弁護士に相談に行くなりできるのではないでしょうか。

財産分与の対象は，夫婦が協力して得た財産なので，お子さんがお年玉や誕生日のお祝いでもらったお金はお子さんの固有の財産と言えるのではないでしょうか。

一般に，子ども名義の預金についても財産分与の対象とすることが多いのは，預金の原資を父母が出捐していることが多く，それ故，たとえ子ども名義であっても，実質的には夫婦が協力して得た財産といえるためでしょう。逆に，子ども自身が祖父母や親戚からもらったお金であれば，上記には該当しないと言えると思われます。

「すべての預貯金を半分にする」というのは，若干不正確であり，婚姻から別居（または離婚。夫婦の経済的協力関係が終わったとき）までに得た財産を清算する，というのが財産分与であるため，預貯金に限らず，車や不動産なども含みます。全てのプラスの財産からマイナスの財産（債務）を引いてプラスになれば，それを2分の1にすると思ってください。

「別居した時点の預貯金をお互いに開示する」というのは合っています。お互いに財産を開示しないと財産分与が正確に行えません。

「財産分与」については，家庭裁判所に財産分与についての判断を求めることができる期間は「離婚の時から２年」（民法７６８条２項）です。お二人の間で協議，合意して財産分与をする分には良いのですが，家庭裁判所に判断をゆだねることはすでにできないということになります。

しかし，質問内容によると，ご自宅が「元旦那と私の名義」ということなので，ご自宅の売却については，財産分与としてではなくとも，売却代金（残ローンがあればその支払後の残金）を共有持分割合に基づいて分割することは可能かと思います。もっとも，あなたの共有持分が少ない場合，２分の１より取り分が減ってしまいますが。

学資保険については，夫婦の収入から保険料が支払われるのが通常ですので，本来は，財産分与の対象財産ですが，（おそらく契約名義人である）元夫が「渡さない」と言っている以上，分割請求は難しいように思います。

離婚協議書の記載内容によります。
ご趣旨は，元妻に約束違反が認められた場合は，元妻があなたに対して金６００万円を支払う，ということだと思いますが，対象となる「約束」をどのように特定しているのか，どのような行為があれば約束違反と言えるか，といった点が気になりました。

また，６００万円を請求できたとして，その性質が財産分与なのかも気になるところです。