まず，奥様に渡している「カード」を使用できないように，金融機関又はカード会社に紛失の届出をすべきではないかと思います。
そのうえで，適正な金額を「婚姻費用」＝妻子の生活費として奥様に渡し，離婚を求めていく方がいいと思います。
婚姻費用算定にあたっては，あなたが妻子が居住する自宅のローンを支払っている場合は，その点も考慮に入れる必要があります。

とにかく，このままでは，「収入以上に」支出が多い状態が続き，いずれあなたが支払不能に陥ることになるでしょう。
早く手を打った方がよいと思います。

ご自宅については，離婚を求めつつ，退去を求めることになるでしょう。

１　慰藉料
　　夫の代理人から「和解金」１００万円の提示があったとのことですが，夫の不貞については，認めていないのでしょうか。仮に，夫の代理人が不貞を認めていないのだとしたら，不貞の証拠の強度が問題になります。
　　不貞の立証が可能であれば，あなたがおっしゃっている慰謝料２００万円という金額は相当です。
２　養育費
　　前提として，養育費は，合意があれば，双方の年収に比して算定しなくてもよいので，慰謝料その他の条件との兼ね合いで月６万円の養育費を認めさせることは可能かもしれません。
　　他方で，あくまで双方の年収をベースにして算定する場合，夫の年収４００万円に対し，あなたの年収を０とするのであれば，６万円というのは相当といえます。
しかし，お子さんが２歳になっているため，「もう働けるはずだ」との理由で，あなたの年収を１００万円程度と試算する考えもあろうかと思います。そのため，あと１年は月６万円，その後は５万円という先方の要望は，あながち不当なものともいえないように思います。
　　ここは，法的にどうこうというより粘り強く交渉すべきではないかと思います。
　　「当初，８万円支払うと言っていたではないか」とごねてもいいと思います。
３　面会交流
　　２０歳まで面会交流を認めない，というのは，原則として通りません。
　　それが認められるのは，夫が子に対して虐待をしていたり，お子さんがある程度の年齢になり自己表現できるようになった後に，父との面会を強く拒んだ場合などに限られます。
　　世の中には，家庭裁判所から面会交流をせよと言われても，頑として実施しない人もいますが，あまりお勧めしません。最終的には，間接強制等により強く実施を迫られることになるからです。
　　養育費との関係では，むしろ，しっかり夫とお子さんを会わせることで，夫に子に対する情をわかせて金を引き出していった方がよいように思います。
４　「書面返答で不当理由の記載有無」
　　質問の趣旨がよく分かりません。

１　離婚の可否
　　現状，奥様は，別居しているにもかかわらず，「離婚しない」とおっしゃっているようですので，協議離婚（離婚届を出す方法による離婚）は難しそうですね。
　　そうかといって，調停離婚も裁判離婚も，奥様が離婚しないと言っていることに加え，おそらく，奥様はあなたの「不貞」を持ち出し（不貞の証拠がどの程度あるかにもよりますが），責め立てることが予想されますので，やはり少なくとも当分の間は，離婚は難しそうです。
　「８月初旬妻から離婚届けを出された」ことを立証できれば反論可能かと思いますが‥。
２　慰藉料
　　奥様の手持ち証拠次第では，離婚するしないに関わらず，慰謝料請求はされる可能性があります。
３　住宅ローン
　　債務者があなたであれば，離婚後，あなたがご自宅に居住するしないに関わらず，あなたが負担し続けます。
　　奥様が自宅に住み続け，あなたが家を出る場合は，住宅ローンにつき，話し合いが必要でしょうね。
４　親権
　　双方が親権を主張した場合，お子さんの年齢，これまでの監護実績，お子さんの意向等によって変わります。
５　養育費
　　双方の収入に照らし算定されるのが通常です。

おっしゃっているとおり，「借りたわけじゃないお金」は返す義務はありません。
お金を借りる際には，「お金を返す」という合意がなければならず，そのような合意がない場合，単に金銭を交付した＝贈与したと見るのが自然です。

他方で，「住宅購入資金の一部を出してもらった」ことについては，離婚における財産分与において検討する余地はあるかもしれません。

「年金分割するな」と言われても，離婚に際して分割を求めることは全く問題ありません。
財産分与の一種なので，義母に請求を禁じられるいわれはありません。

婚姻関係が破たんし，夫婦関係の修復が見込めないといいうる期間として，少なくとも3年は必要と考えられます。
但し，これはあくまで原則であり，別居に至った事情や奥様のお考えによって，対応の仕方が変わるように思います。

１　婚姻費用について
　　婚姻費用の請求権は，請求したときから発生すると考えられるので，過去の分は請求しても支払われないのが原則です。
　　そのため，今からでも婚姻費用を請求した方が良いと思います。但し，あなたより夫の方が収入が高いことが前提となります。
　　離婚または別居解消までは，婚姻費用が発生します。
　　請求したことを証明するため，内容証明郵便又は調停申立てが望ましいです。
２　慰謝料又は見返りについて
　　別居に至った原因によっては，慰謝料の請求が可能かもしれません。しかし，詳しい事情は存じませんが，なんとなく難しいように思われます。
　　「見返り」といいますか，財産分与であれば，考えられるのではないでしょうか。

婚姻期間はどれくらいでしたか？
一般的に，別居を３年以上継続すれば，婚姻関係破綻が認定されやすくなり，仮に，離婚裁判となっても，離婚請求が認められやすくなると言われております。

もっとも，婚姻期間が短い場合は，婚姻関係破綻の認定までに３年を要しないとも考えられております。

要は，あなたたちの婚姻期間が短い場合は，すでに１年別居しているとのことですので，埒が明かない夫との話を続けるより，家庭裁判所に離婚調停を申し立て，調停が不成立となるなら裁判にした方がいいのではないか，ということです。

夫がいう「清算」については，その必要があるのかもよく分かりませんし，清算をしても離婚に応じてくれる保証がないようなので，気にしなくていいと思います。