うつ病になったこと自体が原因で離婚調停において不利になることはないと思われます。

「児童虐待」という記載があるので，お子さんがいらっしゃるのだと思いますが，例えば，あなたのもとにお子さんがいて，夫が親権，監護権を主張してきた場合に，「妻はうつ病だから，子の監護が十分にできない。」と主張されることはあり得ると思います。
しかし，仮に，そのような主張がなされても，現にあなたがお子さんを監護して，お子さんが特に問題なく育っているのであれば，親権，監護権の点においても，うつ病それ自体が原因で不利になることはないです。

むしろ，「夫が原因でうつ，不眠症になった。」と言えるのであれば，あなたにとって有利に働くと思われます。医師に診断書を作成してもらった方がよいのではないでしょうか。

上２人のお子さんとあなたとは，養子縁組をしているということでよろしかったでしょうか。
そうであれば，お子さん３人ともあなたが親権者となることは可能ですし，あなたのお話を聞く限り，あなたが親権者となるのが適切でしょう。
何より，お子さんたちにとって，父（あなたにとっての夫）との生活は，平穏な生活とは程遠いものだと思われます。

そこで，離婚に先立ち，三重の実家にお子さんを連れて転居する形で別居をされるのがよいと考えます。
別居開始時に，夫に書置きなどの方法で離婚の意思を伝え，可能であれば，協議離婚というのがよいのではないでしょうか。
夫が離婚に応じない場合や，親権を争う場合は，家庭裁判所に離婚調停を申し立てるしかないです。

慰謝料，親権，養育費についてお尋ねですが，親権は，上記のとおり，あなたのお話を聞く限り，争いとなっても問題はなかろうと思います。
養育費についてですが，夫が給与所得者であれば，公的な書類（調停調書などの裁判所で作った書面や公正証書）があれば，給与差押えという方法で，毎月の支払いを確保することも可能です。
夫が公正証書作成に協力しない場合は，家庭裁判所に調停を申し立てることになります（離婚調停を申し立てている場合は，離婚とともに話合いの対象にできます）。

慰謝料についてですが，証拠の有無が問題になるということと，仮に裁判所が慰謝料を認めるとして，借金だらけの夫から回収できるか，という点で難しいかもしれません。

「調停離婚」のためには，まず，家庭裁判所に調停申立書を提出する必要があります。
親権，養育費，財産分与をご希望ということですので，調停申立書にその旨を記載します。
なお，調停が成立した場合，家庭裁判所が「調停調書」という書面を作成しますので，別途，公正証書を作成する必要はありません。調停調書は，いわゆる裁判の判決と同一の効力がある強力な書類です。

調停申立てには，戸籍全部事項証明書が必要になるため，取得しておくことをお勧めします。

調停申立てや調停手続での主張や発言に自信が持てない場合は，弁護士を代理人とすることも一つの考えです。

１　慰謝料
　　可能ですが，夫が争って，裁判などになった場合，裁判所が認定する金額は，あなたが想定している金額より低くなるかもしれません。
２　１千万円の返還の必要
　　自宅購入の際，夫の両親から資金援助を受けている点については，財産分与において考慮すべきことであり，夫に対して「返す」必要はないです。
旅行に連れて行ってもらった点についても返還の必要はないです。夫の給与は，あなたが家事育児等で協力していたからこそ得られたと考えられます。夫の給与から旅行費用を支払ったとしても，そもそも夫の給与は，夫婦が協力して得たものであるので，あなたが後ろめたさを感じる必要はありませんし，返還の必要もありません。
３　公正証書作成
　　公正証書の作成は，夫とあなたが事前に公正証書にする内容を合意しておく必要があり，２人で公証役場に赴いて署名押印をする必要があります。要は，夫の協力が不可欠となります。お話をうかがっている限り，なかなか夫の協力を得るのは難しいようにも思われますが，いかがでしょうか。
４　親権の獲得
　　あなたがお子さんたちの育児を主に担当しており，その育児に特段の問題がなければ，親権の争いになったとしても，あなたの方が有利な立場にあると考えられます。
５　適切な財産分与
　　お互いに財産を開示するところから始めることになります。

オンラインではなく，電話会議による調停への参加は可能です。調停申立ての際に電話による参加を希望する旨を，別途，上申書などに記載しておくと対応してくれます。

「今回の調停で確実に離婚を決めたい」とのことですが，そもそも，調停というのは，裁判所が何らかの結論を下す手続ではなく，双方当事者が話し合いを行う手続なので，夫が同意しない限り「調停で」離婚をすることはできません。

調停不成立後，離婚訴訟を提起すれば，裁判官が離婚が認められる，認められないの結論は出してくれます。
離婚訴訟で「確実に離婚を決めたい」のであれば，別居を先行すべきです。
前回の離婚調停で，夫は離婚を拒否したとのことであり，離婚訴訟を提起しても離婚を拒否する可能性があるため，「別居」という事実を作っておく必要があります。できれば，３年は別居してからの離婚訴訟が望ましいです。

次に，「私だけ別居する決意もあります」「その場合親権は夫にいってしまうのでしょうか。」とのことですが，訴訟で親権が争われた場合に，夫を親権者として指定される可能性はありますが，絶対ではないと思われます。逆に，あなたが親権者として指定されるかどうかも不確実です。
子どもにとって，どちらの親に親権があった方がよいか，という視点で判断されますので，あなたが子供を置いて単身別居した，という事態はあまり好ましくはありません。もっとも，別居後も密にお子さんと関わっていれば，親権が認められる場合もあると思います（絶対ではありません）。
そのため，可能であれば，別居の際にお子さんも連れていくべきですが，それが無理なら，別居後もくまなくお子さんの世話をして，世話をしている証拠を作っておくべきではないかと思います。

養育費の点ですが，養育費は，親権がある親にではなく，実際に子どもを監護（子どもの世話など）をしている親に対して支払われるものです。
そのため，夫が言う「一緒に住んでもいない子どもに養育費なんて払わない」というのはおかしなことです。
あなたが，離婚に際し，お子さんたちと離れて生活していた場合，夫が「監護権者」となるので，あなたの親権の有無にかかわらず，あなたが夫に対して養育費を支払うべきこととなりますので，ご注意ください。

家庭裁判所で行うのは，「相談」ではなく，「調停」という，「調停委員」という立場の第三者を交えた「話合いの手続」です。

夫は不貞していて，離婚を求めているということですが，あなたも離婚には同意しているのでしょうか？
仮にあなたが離婚したくないとお考えなら，離婚したくないと主張すべきだと思います。その際は，夫の不貞の証拠を収集しておくことをお勧めします。

他方，双方が離婚することに合意していて，その条件が問題になるのであれば，夫との話し合いがうまくいかない，又は，話し合いが難しそうであれば，家庭裁判所の離婚調停を利用するのがよいと思います。