回答いたします。

所有権とローンの問題に分けて説明します。

１　所有権
相手が所有権を持っていて共有という場合、相手は、不動産をお金に換えろという裁判ができます（共有物分割請求）。
この場合、ご相談者様が相手の所有権を買い取る必要があります。
なお、相手が共有のままご相談者様に使用を認めてくれるということであれば、継続して居住できます。

２　住宅ローン
相手が住宅ローンの支払いを継続しれくれれば問題はありません。
ただし、相手が住宅ローンを支払わないという場合、ご相談者様が肩代わりをしないと住宅ローンの債権者が競売をしてしまい住居を失います。

１と２は関連していますが、相手の意向によります。
相手が自分の住宅ローンを支払いながら、住居を使っていてもいいよということであれば、継続して居住できます。
相手が自分の住宅ローンを支払いたくないから、売却してほしいということであると、相手の所有権を譲り受け（買い取り）、かつ、相手の住宅ローンも支払う必要があります。

離婚に伴う財産分与という制度もありますが、これは、結婚してから別居（または離婚）までの間に増加した財産を清算するというもので、自宅については、
（自宅の価値）－（住宅ローン）の差額で計算することになります。
相手が自宅の価値に匹敵するその他の財産（預貯金等）を結婚後に増加させていたという場合、ご相談者様が自宅を取得するという結論になるかもしれません。

ご無理なされないでくださいね。
きっちりとした解決のため、弁護士に直接相談されてもいいかもしれませんね。

大変お困りだと思いますので、お答えします。
ご無理なされないでくださいね。

申告すると、夫が高額な金額をふっかけてきそうな気がして、申告せずに、持ち家の財産分与の金額が決定してから買い取る旨を伝えたいと思うのですが、ややこしい事になるでしょうか？
おそらく、夫は自分が買い取る事は考えてないと思うし、私が買い取る事を考えていないと思っていると思います。

悩ましい問題ですが、しっかり提示して買い取るように交渉していくべきですね。

会社名義の財産は基本的に財産分与の対象になりませんが、結婚時期などによっては会社の株そのものが分与対象となり、結果として会社の財産も半分もらえるということはありえます。
また、別居直前に引き出したお金については手元現金として持ち戻し計算が認められるケースも多く経験しています。
まずは離婚に強い弁護士に相談してみることをおすすめします。

大変お困りだと思いますので、お答えします。
心労がかかると思いますが、ご無理なされないでくださいね。

調停離婚かなと思いますが、お互いが着地する地点があるのかないのか、話合いができそうになければ無理でしょう。色々とみると高いようにも思いますが、納得するかどうかの問題ですね。

まずは婚姻費用についてだけでも、家庭裁判所に調停を申立てすればよいと思います。婚姻費用は裁判所が決める場合の算定表というものがありますが、協議や調停など話し合いで決める場合にはこの額よりも実際に必要な額を請求するのが良いでしょう。婚姻費用の調停に相手が出席しなければ、裁判所がすぐに審判を出します。そして、離婚する際の条件を考えてはいかがでしょうか。協議離婚がよいか調停離婚がよいかは、相手が任意の話し合いに応じるタイプの人なのかどうかによって決めればよいのです。任意の話し合いに応じるタイプでなければ、家庭裁判所に離婚調停を申立てればよいのです。ＥＤは病状の１つなので、それのみを理由に慰謝料請求は難しいかもしれませんが、財産分与や解決金の支払いなどを条件とするならば離婚に応じると提案すればよいかもしれません。
調停などの申立に必要な費用は裁判所のＨＰにも載っていますし、弁護士に依頼する場合の料金は各弁護士で自由化されていますので、弁護士それぞれにきいてください。

離婚の方向であれば調停申立となり、またどう進めるか、を検討する必要がありそうです。離婚の選択肢はないということであると、法的な紛争以前のもので弁護士が容喙できる場面ではないのかとは思われます。